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geom_GeomGeneArrow() and geom_GeomFitText() has yet to be implemented in plotly [shapviz]

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R
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説明

Recently I started working with the new shapviz package. In particular, the waterfall plot was working just fine for what I needed to visualise. Unfortunately, I was unable to use ggplotly to render the plots in plotly.

image

As it turns out, the waterfall plot is different from plotly's waterfall chart as it is built on the GeomGeneArrow geom from
from https://github.com/wilkox/gggenes.

Warning message in geom2trace.default(dots[[1L]][[1L]], dots[[2L]][[1L]], dots[[3L]][[1L]]):
“geom_GeomGeneArrow() has yet to be implemented in plotly.
  If you'd like to see this geom implemented,
  Please open an issue with your example code at
  [https://github.com/ropensci/plotly/issues](https://github.com/ropensci/plotly/issues)

In addition, geom_GeomFitText, which is needed for rendering text over plot elements is also unimplemented.

geom_GeomFitText() has yet to be implemented in plotly.
  If you'd like to see this geom implemented,
  Please open an issue with your example code at
  [https://github.com/ropensci/plotly/issues](https://github.com/ropensci/plotly/issues)

Reprex adapted from the default shapviz example below:

#library imports
install.packages("shapviz")
library(shapviz)
library(ggplot2)
library(xgboost)

set.seed(3653)

X <- diamonds[c("carat", "cut", "color", "clarity")]
dtrain <- xgb.DMatrix(data.matrix(X), label = diamonds$price)

fit <- xgb.train(
  params = list(learning_rate = 0.1, objective = "reg:squarederror"), 
  data = dtrain,
  nrounds = 65L
)

X_small <- X[sample(nrow(X), 2000L), ]

shp <- shapviz(fit, X_pred = data.matrix(X_small), X = X_small)
waterfall_plot <- sv_waterfall(shp, row_id = 1)

library(plotly)
ggplotly(waterfall_plot)

Expected Output should render similar to this (original ggplot):
image

コントリビューションガイド

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はじめの一歩

  1. issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
  2. 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
  3. リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
  4. issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。

調査の方向性

まず、提供された R reprex を ggplotly(waterfall_plot) で実行し、GeomGeneArrow と GeomFitText に関する geom2trace.default の警告を確認します。動作を gggenes/R/geom_gene_arrow.R および ggfittext の geom リファレンスと比較します。完了の条件は、shapviz のウォーターフォールプロットが、未実装の geom に関する警告なしで ggplotly を通じてレンダリングされることです。

索引モデルが issue の本文から書いたものです。

評価

技術スタック
r
領域
data-visualization
issue の種類
機能追加
難易度
5/5
見積もり時間
1週間以上
活発さ
停滞
明瞭さ
おおむね明確
初心者へのやさしさ
25/100

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