microsoft / microsoft/vscode-python-environments

How to expose environments created with Snakemake

Đang mở
#1,730 3 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Chưa có ai nhận issue này.

triage-needed
Ngôn ngữ chính
TypeScript
Star
138
Fork
62
Merge trung bình
1 ngày 4 giờ
Pull request đã merge (30 ngày)
35

Mô tả

In [Snakemake](https://snakemake.readthedocs.io/en/stable/snakefiles/rules.html#target-rules) you normally do something like this

```python
rule my_rule:
input:
"some/input"
output:
"some/output"
conda:
"a/conda/env.yml"
script:
"some/script.py"
```

when the workflow is launched a new conda env will be created under `.snakemake/conda/xxx` where `xxx` is a hash created by snakemake (kind of a name)

Now I was hoping that doing this in `.vscode/settings.json` was enough,

```json
{
....
"python-envs.workspaceSearchPaths": [".snakemake/conda/**"],
....
}
```

But then when I e.g. open a jupyter notebook from VSCode I do not see any of those envs (neither as simple envs nor as kernels as all of them have also `ipykernel` installed)

Am I missing something?

Hướng dẫn đóng góp

Mở hướng dẫn đóng góp

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Hướng nghiên cứu

Bắt đầu với cấu hình .vscode/settings.json và tái hiện việc phát hiện bằng cách đặt python-envs.workspaceSearchPaths thành .snakemake/conda/**. Kiểm tra cách các môi trường Snakemake được tạo được xử lý khi mở một sổ tay Jupyter và liệu chúng có được cung cấp dưới dạng môi trường hay kernel hay không. Hoàn tất khi các môi trường tương ứng hiển thị trong các bộ chọn VS Code liên quan.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Đánh giá

Công nghệ
python
Lĩnh vực
tooling
Loại issue
Lỗi
Độ khó
3/5
Thời gian dự kiến
1-2 ngày
Mức độ hoạt động
Sôi nổi
Độ rõ ràng
Khá rõ ràng
Mức phù hợp với người mới
66/100

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.