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How to expose environments created with Snakemake

Aberta
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triage-needed
Linguagem predominante
TypeScript
Estrelas
138
Forks
62
Merge médio
1d 4h
PRs com merge (30d)
35

Descrição

In Snakemake you normally do something like this

rule my_rule:
    input:
        "some/input"
    output:
        "some/output"
    conda:
        "a/conda/env.yml"
    script:
        "some/script.py"

when the workflow is launched a new conda env will be created under .snakemake/conda/xxx where xxx is a hash created by snakemake (kind of a name)

Now I was hoping that doing this in .vscode/settings.json was enough,

{
    ....
    "python-envs.workspaceSearchPaths": [".snakemake/conda/**"],
    ....
}

But then when I e.g. open a jupyter notebook from VSCode I do not see any of those envs (neither as simple envs nor as kernels as all of them have also ipykernel installed)

Am I missing something?

Guia de contribuição

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Primeiros passos

  1. Leia a issue inteira e depois o guia de contribuição do projeto.
  2. Comente na issue dizendo que vai assumir — evita que duas pessoas façam o mesmo trabalho.
  3. Faça um fork do repositório e trabalhe em uma branch.
  4. Abra um pull request que referencie o número da issue.

Direção de pesquisa

Comece pela configuração em .vscode/settings.json e reproduza a descoberta definindo python-envs.workspaceSearchPaths como .snakemake/conda/**. Verifique como os ambientes Snakemake gerados são tratados ao abrir um notebook Jupyter e se são oferecidos como ambientes ou kernels. Está concluído quando os ambientes correspondentes estiverem visíveis nos seletores relevantes do VS Code.

Escrita pelo modelo de indexação a partir do texto da issue.

Avaliação

Stack de tecnologia
python
Domínio
tooling
Tipo de issue
Bug
Dificuldade
3/5
Tempo estimado
1-2 dias
Status de atividade
Ativa
Clareza
Razoavelmente clara
Facilidade para iniciantes
66/100

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