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How to expose environments created with Snakemake
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- Linguagem predominante
- TypeScript
- Estrelas
- 138
- Forks
- 62
- Merge médio
- 1d 4h
- PRs com merge (30d)
- 35
Descrição
In Snakemake you normally do something like this
rule my_rule:
input:
"some/input"
output:
"some/output"
conda:
"a/conda/env.yml"
script:
"some/script.py"
when the workflow is launched a new conda env will be created under .snakemake/conda/xxx where xxx is a hash created by snakemake (kind of a name)
Now I was hoping that doing this in .vscode/settings.json was enough,
{
....
"python-envs.workspaceSearchPaths": [".snakemake/conda/**"],
....
}
But then when I e.g. open a jupyter notebook from VSCode I do not see any of those envs (neither as simple envs nor as kernels as all of them have also ipykernel installed)
Am I missing something?
Guia de contribuição
Primeiros passos
- Leia a issue inteira e depois o guia de contribuição do projeto.
- Comente na issue dizendo que vai assumir — evita que duas pessoas façam o mesmo trabalho.
- Faça um fork do repositório e trabalhe em uma branch.
- Abra um pull request que referencie o número da issue.
Direção de pesquisa
Comece pela configuração em .vscode/settings.json e reproduza a descoberta definindo python-envs.workspaceSearchPaths como .snakemake/conda/**. Verifique como os ambientes Snakemake gerados são tratados ao abrir um notebook Jupyter e se são oferecidos como ambientes ou kernels. Está concluído quando os ambientes correspondentes estiverem visíveis nos seletores relevantes do VS Code.
Escrita pelo modelo de indexação a partir do texto da issue.
Avaliação
- Stack de tecnologia
- python
- Domínio
- tooling
- Tipo de issue
- Bug
- Dificuldade
- 3/5
- Tempo estimado
- 1-2 dias
- Status de atividade
- Ativa
- Clareza
- Razoavelmente clara
- Facilidade para iniciantes
- 66/100