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How to expose environments created with Snakemake
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- Vorherrschende Sprache
- TypeScript
- Sterne
- 138
- Forks
- 62
- Ø Merge
- 1 T. 4 Std.
- Gemergte PRs (30 T.)
- 35
Beschreibung
In [Snakemake](https://snakemake.readthedocs.io/en/stable/snakefiles/rules.html#target-rules) you normally do something like this
```python
rule my_rule:
input:
"some/input"
output:
"some/output"
conda:
"a/conda/env.yml"
script:
"some/script.py"
```
when the workflow is launched a new conda env will be created under `.snakemake/conda/xxx` where `xxx` is a hash created by snakemake (kind of a name)
Now I was hoping that doing this in `.vscode/settings.json` was enough,
```json
{
....
"python-envs.workspaceSearchPaths": [".snakemake/conda/**"],
....
}
```
But then when I e.g. open a jupyter notebook from VSCode I do not see any of those envs (neither as simple envs nor as kernels as all of them have also `ipykernel` installed)
Am I missing something?
Beitragsleitfaden
Erste Schritte
- Lies das ganze Issue und danach den Beitragsleitfaden des Projekts.
- Schreib ins Issue, dass du es übernimmst — das erspart doppelte Arbeit.
- Forke das Repository und arbeite in einem Branch.
- Öffne einen Pull Request, der die Issue-Nummer nennt.
Rechercherichtung
Beginne mit der Konfiguration in .vscode/settings.json und reproduziere die Erkennung, indem du python-envs.workspaceSearchPaths auf .snakemake/conda/** setzt. Prüfe, wie die generierten Snakemake-Umgebungen beim Öffnen eines Jupyter-Notebooks behandelt werden und ob sie als Umgebungen oder Kernel angeboten werden. Erledigt ist die Aufgabe, wenn die passenden Umgebungen in den relevanten VS Code-Auswahldialogen sichtbar sind.
Vom Indexierungsmodell aus dem Issue-Text verfasst.
Bewertung
- Tech-Stack
- python
- Bereich
- tooling
- Issue-Typ
- Bug
- Schwierigkeit
- 3/5
- Geschätzter Aufwand
- 1-2 Tage
- Aktivitätsstatus
- Aktiv
- Klarheit
- Größtenteils klar
- Anfängerfreundlichkeit
- 66/100