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How to expose environments created with Snakemake

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Vorherrschende Sprache
TypeScript
Sterne
138
Forks
62
Ø Merge
1 T. 4 Std.
Gemergte PRs (30 T.)
35

Beschreibung

In [Snakemake](https://snakemake.readthedocs.io/en/stable/snakefiles/rules.html#target-rules) you normally do something like this

```python
rule my_rule:
input:
"some/input"
output:
"some/output"
conda:
"a/conda/env.yml"
script:
"some/script.py"
```

when the workflow is launched a new conda env will be created under `.snakemake/conda/xxx` where `xxx` is a hash created by snakemake (kind of a name)

Now I was hoping that doing this in `.vscode/settings.json` was enough,

```json
{
....
"python-envs.workspaceSearchPaths": [".snakemake/conda/**"],
....
}
```

But then when I e.g. open a jupyter notebook from VSCode I do not see any of those envs (neither as simple envs nor as kernels as all of them have also `ipykernel` installed)

Am I missing something?

Beitragsleitfaden

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Erste Schritte

  1. Lies das ganze Issue und danach den Beitragsleitfaden des Projekts.
  2. Schreib ins Issue, dass du es übernimmst — das erspart doppelte Arbeit.
  3. Forke das Repository und arbeite in einem Branch.
  4. Öffne einen Pull Request, der die Issue-Nummer nennt.

Rechercherichtung

Beginne mit der Konfiguration in .vscode/settings.json und reproduziere die Erkennung, indem du python-envs.workspaceSearchPaths auf .snakemake/conda/** setzt. Prüfe, wie die generierten Snakemake-Umgebungen beim Öffnen eines Jupyter-Notebooks behandelt werden und ob sie als Umgebungen oder Kernel angeboten werden. Erledigt ist die Aufgabe, wenn die passenden Umgebungen in den relevanten VS Code-Auswahldialogen sichtbar sind.

Vom Indexierungsmodell aus dem Issue-Text verfasst.

Bewertung

Tech-Stack
python
Bereich
tooling
Issue-Typ
Bug
Schwierigkeit
3/5
Geschätzter Aufwand
1-2 Tage
Aktivitätsstatus
Aktiv
Klarheit
Größtenteils klar
Anfängerfreundlichkeit
66/100

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