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How to expose environments created with Snakemake

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triage-needed
Lingua principale
TypeScript
Stelle
138
Fork
62
Merge medio
1g 4h
PR unite (30g)
35

Descrizione

In [Snakemake](https://snakemake.readthedocs.io/en/stable/snakefiles/rules.html#target-rules) you normally do something like this

```python
rule my_rule:
input:
"some/input"
output:
"some/output"
conda:
"a/conda/env.yml"
script:
"some/script.py"
```

when the workflow is launched a new conda env will be created under `.snakemake/conda/xxx` where `xxx` is a hash created by snakemake (kind of a name)

Now I was hoping that doing this in `.vscode/settings.json` was enough,

```json
{
....
"python-envs.workspaceSearchPaths": [".snakemake/conda/**"],
....
}
```

But then when I e.g. open a jupyter notebook from VSCode I do not see any of those envs (neither as simple envs nor as kernels as all of them have also `ipykernel` installed)

Am I missing something?

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Come iniziare

  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
  2. Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
  3. Fai un fork del repository e lavora su un branch.
  4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

Direzione di ricerca

Inizia dalla configurazione di .vscode/settings.json e riproduci il rilevamento impostando python-envs.workspaceSearchPaths su .snakemake/conda/**. Verifica come vengono gestiti gli ambienti Snakemake generati quando si apre un notebook Jupyter e se vengono offerti come ambienti o kernel. L’attività è completata quando gli ambienti corrispondenti sono visibili nei selettori pertinenti di VS Code.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Valutazione

Stack tecnologico
python
Ambito
tooling
Tipo di issue
Bug
Difficoltà
3/5
Tempo stimato
1-2 giorni
Stato di attività
Attiva
Chiarezza
Abbastanza chiara
Idoneità per principianti
66/100

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