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How to expose environments created with Snakemake
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- Langage dominant
- TypeScript
- Étoiles
- 138
- Forks
- 62
- Merge moyen
- 1 j 4 h
- PR mergées (30 j)
- 35
Description
In [Snakemake](https://snakemake.readthedocs.io/en/stable/snakefiles/rules.html#target-rules) you normally do something like this
```python
rule my_rule:
input:
"some/input"
output:
"some/output"
conda:
"a/conda/env.yml"
script:
"some/script.py"
```
when the workflow is launched a new conda env will be created under `.snakemake/conda/xxx` where `xxx` is a hash created by snakemake (kind of a name)
Now I was hoping that doing this in `.vscode/settings.json` was enough,
```json
{
....
"python-envs.workspaceSearchPaths": [".snakemake/conda/**"],
....
}
```
But then when I e.g. open a jupyter notebook from VSCode I do not see any of those envs (neither as simple envs nor as kernels as all of them have also `ipykernel` installed)
Am I missing something?
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Piste de recherche
Commencez par la configuration de .vscode/settings.json et reproduisez la découverte en définissant python-envs.workspaceSearchPaths sur .snakemake/conda/**. Vérifiez comment les environnements Snakemake générés sont gérés lors de l’ouverture d’un notebook Jupyter et s’ils sont proposés comme environnements ou kernels. C’est terminé lorsque les environnements correspondants sont visibles dans les sélecteurs VS Code concernés.
Rédigé par le modèle d'indexation à partir du texte de l'issue.
Évaluation
- Stack technique
- python
- Domaine
- tooling
- Type d'issue
- Bug
- Difficulté
- 3/5
- Temps estimé
- 1-2 jours
- Activité
- Active
- Clarté
- Plutôt claire
- Accessibilité débutants
- 66/100