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How to expose environments created with Snakemake
- 主要言語
- TypeScript
- スター
- 138
- フォーク
- 62
- 平均マージ
- 1日 4時間
- マージ済み PR(30日)
- 35
説明
In [Snakemake](https://snakemake.readthedocs.io/en/stable/snakefiles/rules.html#target-rules) you normally do something like this
```python
rule my_rule:
input:
"some/input"
output:
"some/output"
conda:
"a/conda/env.yml"
script:
"some/script.py"
```
when the workflow is launched a new conda env will be created under `.snakemake/conda/xxx` where `xxx` is a hash created by snakemake (kind of a name)
Now I was hoping that doing this in `.vscode/settings.json` was enough,
```json
{
....
"python-envs.workspaceSearchPaths": [".snakemake/conda/**"],
....
}
```
But then when I e.g. open a jupyter notebook from VSCode I do not see any of those envs (neither as simple envs nor as kernels as all of them have also `ipykernel` installed)
Am I missing something?
コントリビューションガイド
調査の方向性
.vscode/settings.json の設定から始め、python-envs.workspaceSearchPaths を .snakemake/conda/** に設定して検出を再現します。Jupyter ノートブックを開いたときに生成された Snakemake 環境がどのように扱われるか、また環境またはカーネルとして提示されるかを確認します。該当する環境が関連する VS Code のピッカーに表示されれば完了です。
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
評価
- 技術スタック
- python
- 領域
- tooling
- issue の種類
- バグ
- 難易度
- 3/5
- 見積もり時間
- 1〜2日
- 活発さ
- 活発
- 明瞭さ
- おおむね明確
- 初心者へのやさしさ
- 66/100