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How to expose environments created with Snakemake

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主要言語
TypeScript
スター
138
フォーク
62
平均マージ
1日 4時間
マージ済み PR(30日)
35

説明

In [Snakemake](https://snakemake.readthedocs.io/en/stable/snakefiles/rules.html#target-rules) you normally do something like this

```python
rule my_rule:
input:
"some/input"
output:
"some/output"
conda:
"a/conda/env.yml"
script:
"some/script.py"
```

when the workflow is launched a new conda env will be created under `.snakemake/conda/xxx` where `xxx` is a hash created by snakemake (kind of a name)

Now I was hoping that doing this in `.vscode/settings.json` was enough,

```json
{
....
"python-envs.workspaceSearchPaths": [".snakemake/conda/**"],
....
}
```

But then when I e.g. open a jupyter notebook from VSCode I do not see any of those envs (neither as simple envs nor as kernels as all of them have also `ipykernel` installed)

Am I missing something?

コントリビューションガイド

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調査の方向性

.vscode/settings.json の設定から始め、python-envs.workspaceSearchPaths を .snakemake/conda/** に設定して検出を再現します。Jupyter ノートブックを開いたときに生成された Snakemake 環境がどのように扱われるか、また環境またはカーネルとして提示されるかを確認します。該当する環境が関連する VS Code のピッカーに表示されれば完了です。

索引モデルが issue の本文から書いたものです。

評価

技術スタック
python
領域
tooling
issue の種類
バグ
難易度
3/5
見積もり時間
1〜2日
活発さ
活発
明瞭さ
おおむね明確
初心者へのやさしさ
66/100

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