microsoft / microsoft/vscode-python-environments

How to expose environments created with Snakemake

Abierto
#1,730 3 comentarios 0 reacciones 0 asignados Ver en GitHub
triage-needed
Lenguaje dominante
TypeScript
Estrellas
138
Forks
62
Merge medio
1 d 4 h
PR fusionados (30 d)
35

Descripción

In [Snakemake](https://snakemake.readthedocs.io/en/stable/snakefiles/rules.html#target-rules) you normally do something like this

```python
rule my_rule:
input:
"some/input"
output:
"some/output"
conda:
"a/conda/env.yml"
script:
"some/script.py"
```

when the workflow is launched a new conda env will be created under `.snakemake/conda/xxx` where `xxx` is a hash created by snakemake (kind of a name)

Now I was hoping that doing this in `.vscode/settings.json` was enough,

```json
{
....
"python-envs.workspaceSearchPaths": [".snakemake/conda/**"],
....
}
```

But then when I e.g. open a jupyter notebook from VSCode I do not see any of those envs (neither as simple envs nor as kernels as all of them have also `ipykernel` installed)

Am I missing something?

Guía de contribución

Abrir la guía de contribución

Línea de trabajo

Comienza con la configuración de .vscode/settings.json y reproduce el descubrimiento estableciendo python-envs.workspaceSearchPaths en .snakemake/conda/**. Comprueba cómo se gestionan los entornos de Snakemake generados al abrir un cuaderno de Jupyter y si se ofrecen como entornos o kernels. La tarea está terminada cuando los entornos correspondientes son visibles en los selectores relevantes de VS Code.

Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.

Evaluación

Stack tecnológico
python
Área
tooling
Tipo de issue
Error
Dificultad
3/5
Tiempo estimado
1-2 días
Estado de actividad
Activo
Claridad
Bastante claro
Aptitud para principiantes
66/100

Recibe los nuevos issues en tu correo

Un resumen breve de issues de GitHub para principiantes.