scverse / scverse/spatialdata-tutorials
Update Xenium dataset
Đang mở
Chưa có ai nhận issue này.
- Ngôn ngữ chính
- Jupyter Notebook
- Star
- 67
- Fork
- 26
- Merge trung bình
- 4 phút
- Pull request đã merge (30 ngày)
- 1
Mô tả
The Xenium notebook is using a previous dataset (for XOA 2.0). We should consider using on the following recent datasets, recommended by the 10x team:
- FFPE Human Pancreas with Xenium Multimodal Cell Segmentation
- Fresh Frozen Mouse Colon with Xenium Multimodal Cell Segmentation
In alternative we could use the preview data for the 5K panel:
Or even better,
- wait until a stable version of the 5K panel data is released and use that.
Hướng dẫn đóng góp
Chưa lập chỉ mục được hướng dẫn đóng góp cho kho mã nguồn này
Bắt đầu từ đâu
- Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
- Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
- Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
- Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.
Hướng nghiên cứu
Tìm notebook Xenium và kiểm tra cách dataset XOA 2.0 hiện tại được tham chiếu. So sánh các dataset 10x được liên kết và xác định nên sử dụng một trong số đó hay chờ dữ liệu panel 5K ổn định; hoàn tất nghĩa là notebook sử dụng dataset đã chọn và vẫn chạy thành công.
Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.
Đánh giá
- Công nghệ
- jupyter-notebook
- Lĩnh vực
- data, documentation
- Loại issue
- Tài liệu
- Độ khó
- 3/5
- Thời gian dự kiến
- 1-2 ngày
- Mức độ hoạt động
- Đình trệ
- Độ rõ ràng
- Khá rõ ràng
- Mức phù hợp với người mới
- 35/100