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Update Xenium dataset
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- Lingua principale
- Jupyter Notebook
- Stelle
- 67
- Fork
- 26
- Merge medio
- 4m
- PR unite (30g)
- 1
Descrizione
The Xenium notebook is using a previous dataset (for XOA 2.0). We should consider using on the following recent datasets, recommended by the 10x team:
- FFPE Human Pancreas with Xenium Multimodal Cell Segmentation
- Fresh Frozen Mouse Colon with Xenium Multimodal Cell Segmentation
In alternative we could use the preview data for the 5K panel:
Or even better,
- wait until a stable version of the 5K panel data is released and use that.
Guida per i contributori
Nessuna guida per i contributori indicizzata per questo repository
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
Direzione di ricerca
Individua il notebook Xenium e verifica come viene attualmente referenziato il dataset XOA 2.0. Confronta i dataset 10x collegati e determina se usarne uno o attendere dati stabili del pannello 5K; l’attività è completata quando il notebook usa il dataset selezionato e continua a essere eseguito correttamente.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Valutazione
- Stack tecnologico
- jupyter-notebook
- Ambito
- data, documentation
- Tipo di issue
- Documentazione
- Difficoltà
- 3/5
- Tempo stimato
- 1-2 giorni
- Stato di attività
- Ferma
- Chiarezza
- Abbastanza chiara
- Idoneità per principianti
- 35/100