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Update Xenium dataset
Dieses Issue hat noch niemand übernommen.
- Vorherrschende Sprache
- Jupyter Notebook
- Sterne
- 67
- Forks
- 26
- Ø Merge
- 4 Min.
- Gemergte PRs (30 T.)
- 1
Beschreibung
The Xenium notebook is using a previous dataset (for XOA 2.0). We should consider using on the following recent datasets, recommended by the 10x team:
- FFPE Human Pancreas with Xenium Multimodal Cell Segmentation
- Fresh Frozen Mouse Colon with Xenium Multimodal Cell Segmentation
In alternative we could use the preview data for the 5K panel:
Or even better,
- wait until a stable version of the 5K panel data is released and use that.
Beitragsleitfaden
Für dieses Repository ist kein Beitragsleitfaden indexiert
Erste Schritte
- Lies das ganze Issue und danach den Beitragsleitfaden des Projekts.
- Schreib ins Issue, dass du es übernimmst — das erspart doppelte Arbeit.
- Forke das Repository und arbeite in einem Branch.
- Öffne einen Pull Request, der die Issue-Nummer nennt.
Rechercherichtung
Finde das Xenium-Notebook und untersuche, wie auf den aktuellen XOA 2.0-Datensatz verwiesen wird. Vergleiche die verknüpften 10x-Datensätze und bestimme, ob einer davon verwendet werden soll oder ob auf stabile 5K-Paneldaten gewartet werden soll; abgeschlossen ist die Aufgabe, wenn das Notebook den ausgewählten Datensatz verwendet und weiterhin erfolgreich ausgeführt wird.
Vom Indexierungsmodell aus dem Issue-Text verfasst.
Bewertung
- Tech-Stack
- jupyter-notebook
- Bereich
- data, documentation
- Issue-Typ
- Dokumentation
- Schwierigkeit
- 3/5
- Geschätzter Aufwand
- 1-2 Tage
- Aktivitätsstatus
- Veraltet
- Klarheit
- Größtenteils klar
- Anfängerfreundlichkeit
- 35/100