[Java] Change Protobuf version usage in DataSet and Gandiva

### Describe the enhancement requested

At the moment, both dataset and gandiva modules use an explicit property to determine the protobuf version.
It would be better to use the defined version in the bom.

### Component(s)

Java

找出 DataSet 與 Gandiva 模組的建置設定，並檢查目前各自如何設定 Protobuf 版本。將這些宣告與儲存庫的 BOM 進行比較，接著驗證兩個模組都使用 BOM 定義的版本，且 Java 建置成功完成。

由索引模型根據 Issue 內容生成。