PEtab-dev/libpetab-python

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Python package for working with PEtab files

Estrelas: 18
Forks: 9
Issues abertas para iniciantes: 0
Issues indexadas: 43

Linguagem predominante: Python
Licença: MIT
Último push no GitHub: 7/9/2026
Última indexação: 20/9/2026
Guia de contribuição: Guia de contribuição
Código de conduta: Sem código de conduta
Labels para iniciantes: Nenhum label para iniciantes indexado
Métricas de merge de PRs: Nenhum PR com merge em 30d

Para iniciantes Tudo

Abertas Todas

43 issues abertas indexadas

Improve model abstractions Aberta

Dificuldade 5/5 Mais de uma semana Facilidade para iniciantes 25/100

PEtab-dev/libpetab-python#518 · Aberta em 7/9/2026
Mapping table contributions to parameter table validation (SciML use case) Aberta

validation

Dificuldade 5/5 Mais de uma semana Facilidade para iniciantes 35/100

PEtab-dev/libpetab-python#494 · 1 comentário · Aberta em 26/6/2026
Support for discrete noise distributions Aberta

Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 35/100

PEtab-dev/libpetab-python#466 · Aberta em 3/12/2025
Add CLI for petab v1->v2 conversion Aberta

enhancement

Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 45/100

PEtab-dev/libpetab-python#453 · Aberta em 29/10/2025
Add goodness-of-fit and residual plots to visualization examples Aberta

documentation

Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 45/100

PEtab-dev/libpetab-python#439 · Aberta em 19/9/2025
API for renaming PEtab entities Aberta

enhancement

Dificuldade 5/5 Mais de uma semana Facilidade para iniciantes 25/100

PEtab-dev/libpetab-python#438 · Aberta em 19/9/2025
Remove `v2.Problem.*_df` Aberta

Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 45/100

PEtab-dev/libpetab-python#409 · Aberta em 21/7/2025
v2: Visualization functions Aberta

Dificuldade 5/5 Mais de uma semana Facilidade para iniciantes 25/100

PEtab-dev/libpetab-python#398 · Aberta em 2/7/2025
Document release process Aberta

documentation

Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 35/100

PEtab-dev/libpetab-python#396 · Aberta em 2/7/2025
v2: Handle multi-model problems Aberta

Dificuldade 5/5 Mais de uma semana Facilidade para iniciantes 25/100

PEtab-dev/libpetab-python#392 · 2 comentários · Aberta em 5/6/2025
v2: Update validator Aberta

validation

Dificuldade 5/5 Mais de uma semana Facilidade para iniciantes 30/100

PEtab-dev/libpetab-python#369 · Aberta em 28/3/2025
antlr runtime version Aberta

Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 42/100

PEtab-dev/libpetab-python#344 · 4 comentários · Aberta em 18/12/2024
`flatten_timepoint_specific_output_overrides` should not do anything if there are no timepoint-specific output parameters Aberta

Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 45/100

PEtab-dev/libpetab-python#314 · Aberta em 17/10/2024
Add functionality for computing posteriors Aberta

enhancement

Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 35/100

PEtab-dev/libpetab-python#312 · 2 reações · Aberta em 15/10/2024
Refactor priors Aberta

enhancement

PEtab-dev/libpetab-python#311 · 2 reações · 1 responsável · Aberta em 15/10/2024
Feature to automate handling of replicate data Aberta

PEtab-dev/libpetab-python#310 · 1 comentário · 1 responsável · Aberta em 8/10/2024
PEtab Simulator update_parameters Aberta

enhancement

Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 35/100

PEtab-dev/libpetab-python#305 · 2 reações · Aberta em 15/8/2024
Replace individual dataframe arguments by Problem objects Aberta

Dificuldade 5/5 Mais de uma semana Facilidade para iniciantes 25/100

PEtab-dev/libpetab-python#301 · 1 reação · Aberta em 2/7/2024
v2 validation: atomize checks Aberta

Dificuldade 5/5 Mais de uma semana Facilidade para iniciantes 25/100

PEtab-dev/libpetab-python#289 · 1 reação · Aberta em 29/6/2024
Integration of extensions Aberta

Dificuldade 5/5 Mais de uma semana Facilidade para iniciantes 25/100

PEtab-dev/libpetab-python#273 · 2 comentários · Aberta em 25/6/2024
composite problem Aberta

Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 35/100

PEtab-dev/libpetab-python#265 · 4 comentários · Aberta em 2/6/2024
Wrong plot_goodness_of_fit if different order of rows in measurement_df and simulation_df Aberta

bug visualization

Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 45/100

PEtab-dev/libpetab-python#247 · 1 comentário · 2 reações · Aberta em 27/2/2024
Validator does not check for required column `noiseFormula` in observables table Aberta

validation

PEtab-dev/libpetab-python#219 · 1 responsável · Aberta em 25/7/2023
Improve error handling in Problem.from_yaml - parameter_file Aberta

Dificuldade 2/5 1-3 horas Facilidade para iniciantes 48/100

PEtab-dev/libpetab-python#218 · Aberta em 25/7/2023
Improve error handling in Problem.from_yaml - format_version Aberta

validation

Dificuldade 2/5 1-3 horas Facilidade para iniciantes 45/100

PEtab-dev/libpetab-python#217 · Aberta em 25/7/2023
petab.get_model_for_condition may remove rateRules where it shouldn't Aberta

bug

Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 35/100

PEtab-dev/libpetab-python#197 · Aberta em 17/4/2023
Validator: Add option to warn about unused / non-standard columns Aberta

enhancement validation

Dificuldade 5/5 Mais de uma semana Facilidade para iniciantes 35/100

PEtab-dev/libpetab-python#128 · Aberta em 22/4/2022
Python API for linter Aberta

enhancement

Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 35/100

PEtab-dev/libpetab-python#35 · 2 comentários · Aberta em 16/2/2021
False positive invalid condition ID. Aberta

PEtab-dev/libpetab-python#366 · 6 comentários · 1 responsável · Aberta em 20/10/2020
single objectivePriorParameters are cast to numpy.float64 Aberta

Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 45/100

PEtab-dev/libpetab-python#27 · 7 comentários · Aberta em 27/8/2020
writer functions do not perform sanity checks + use misleading options for writing tsv Aberta

Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 35/100

PEtab-dev/libpetab-python#26 · 11 comentários · Aberta em 24/8/2020
Should unspecified optional strings be the empty string or NaN? Aberta

question

Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 35/100

PEtab-dev/libpetab-python#25 · 4 comentários · Aberta em 18/6/2020
Visualization of measurements without condition table and visualization table Aberta

visualization

PEtab-dev/libpetab-python#22 · 1 responsável · Aberta em 13/5/2020
Visualization: if column 'XValues' not provided and multiple conditions should be plotted automatically Aberta

visualization

Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 45/100

PEtab-dev/libpetab-python#21 · 2 comentários · Aberta em 21/4/2020
consistent coloring of legend entries across plots Aberta

visualization

Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 30/100

PEtab-dev/libpetab-python#18 · 1 comentário · Aberta em 21/2/2020
xOffset for logscale xValues Aberta

question visualization

Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 35/100

PEtab-dev/libpetab-python#17 · 1 comentário · Aberta em 21/2/2020
BarPlots ignore xValues Aberta

visualization

PEtab-dev/libpetab-python#16 · 6 comentários · 2 responsáveis · Aberta em 21/2/2020
Parallelize plotting for large amounts of subplots (saved to files) Aberta

visualization

PEtab-dev/libpetab-python#11 · 1 reação · 1 responsável · Aberta em 24/1/2020
Implement validation CompositeProblem Aberta

validation

Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 35/100

PEtab-dev/libpetab-python#9 · Aberta em 16/12/2019
Add function to create joint parameter table from multiple models and measurement files Aberta

Dificuldade 5/5 Mais de uma semana Facilidade para iniciantes 25/100

PEtab-dev/libpetab-python#5 · 1 comentário · Aberta em 16/12/2019
Add: Allow plotting by observableID & simCondID at the same time Aberta

visualization

Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 35/100

PEtab-dev/libpetab-python#4 · Aberta em 30/9/2019
add: plotting STD if the column noiseParameter has values and no replicates available Aberta

visualization

Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 45/100

PEtab-dev/libpetab-python#3 · 1 comentário · Aberta em 20/8/2019
add case in visualization routine: in measurementData file, if same simulationConditionId, but differing preequilibrationId etc. Aberta

visualization

Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 45/100

PEtab-dev/libpetab-python#2 · Aberta em 5/7/2019

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