PEtab-dev / PEtab-dev/libpetab-python
Improve model abstractions
Aberta
Ninguém assumiu esta issue ainda.
- Linguagem predominante
- Python
- Estrelas
- 18
- Forks
- 9
- Métricas de merge de PRs
- Nenhum PR com merge em 30d
Descrição
The current model abstraction in petab.v1.models.model.Model isn't great. Non-exhaustive list of problems:
- We don't have proper handling of derived parameters (#517 / https://github.com/PEtab-dev/libpetab-python/pull/517#issuecomment-5566488336)
is_state_variableconflates different questions. The simulator decides what's treated as a state variable - that's none of PEtab's business.- Ideally, the library would more closely adopt the specs' taxonomy regarding constant, differential, and algebraic entities.
Improve that. This will probably impact quite a number of places and needs to be addressed carefully.
Guia de contribuição
Primeiros passos
- Leia a issue inteira e depois o guia de contribuição do projeto.
- Comente na issue dizendo que vai assumir — evita que duas pessoas façam o mesmo trabalho.
- Faça um fork do repositório e trabalhe em uma branch.
- Abra um pull request que referencie o número da issue.
Direção de pesquisa
Start by reading petab.v1.models.model.Model and the discussion in #517, including the linked pull request comment. Map how derived parameters and is_state_variable are used across the package before proposing changes. Done means the model abstraction reflects the constant, differential, and algebraic taxonomy without conflating simulator decisions.
Escrita pelo modelo de indexação a partir do texto da issue.
Avaliação
- Stack de tecnologia
- python
- Domínio
- tooling
- Tipo de issue
- Refatoração
- Dificuldade
- 5/5
- Tempo estimado
- Mais de uma semana
- Status de atividade
- Ativa
- Clareza
- Precisa de esclarecimento
- Facilidade para iniciantes
- 25/100