PEtab-dev / PEtab-dev/libpetab-python
Improve model abstractions
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- Langage dominant
- Python
- Étoiles
- 18
- Forks
- 9
- Métriques de merge des PR
- Aucune PR mergée en 30 j
Description
The current model abstraction in petab.v1.models.model.Model isn't great. Non-exhaustive list of problems:
- We don't have proper handling of derived parameters (#517 / https://github.com/PEtab-dev/libpetab-python/pull/517#issuecomment-5566488336)
is_state_variableconflates different questions. The simulator decides what's treated as a state variable - that's none of PEtab's business.- Ideally, the library would more closely adopt the specs' taxonomy regarding constant, differential, and algebraic entities.
Improve that. This will probably impact quite a number of places and needs to be addressed carefully.
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Par où commencer
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Piste de recherche
Start by reading petab.v1.models.model.Model and the discussion in #517, including the linked pull request comment. Map how derived parameters and is_state_variable are used across the package before proposing changes. Done means the model abstraction reflects the constant, differential, and algebraic taxonomy without conflating simulator decisions.
Rédigé par le modèle d'indexation à partir du texte de l'issue.
Évaluation
- Stack technique
- python
- Domaine
- tooling
- Type d'issue
- Refactorisation
- Difficulté
- 5/5
- Temps estimé
- Plus d'une semaine
- Activité
- Active
- Clarté
- À clarifier
- Accessibilité débutants
- 25/100