PEtab-dev / PEtab-dev/libpetab-python
Improve model abstractions
Abierto
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- Lenguaje dominante
- Python
- Estrellas
- 18
- Forks
- 9
- Métricas de merge de PR
- Sin PR fusionados en 30 d
Descripción
The current model abstraction in petab.v1.models.model.Model isn't great. Non-exhaustive list of problems:
- We don't have proper handling of derived parameters (#517 / https://github.com/PEtab-dev/libpetab-python/pull/517#issuecomment-5566488336)
is_state_variableconflates different questions. The simulator decides what's treated as a state variable - that's none of PEtab's business.- Ideally, the library would more closely adopt the specs' taxonomy regarding constant, differential, and algebraic entities.
Improve that. This will probably impact quite a number of places and needs to be addressed carefully.
Guía de contribución
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
Línea de trabajo
Start by reading petab.v1.models.model.Model and the discussion in #517, including the linked pull request comment. Map how derived parameters and is_state_variable are used across the package before proposing changes. Done means the model abstraction reflects the constant, differential, and algebraic taxonomy without conflating simulator decisions.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Evaluación
- Stack tecnológico
- python
- Área
- tooling
- Tipo de issue
- Refactorización
- Dificultad
- 5/5
- Tiempo estimado
- Más de una semana
- Estado de actividad
- Activo
- Claridad
- Necesita aclaración
- Aptitud para principiantes
- 25/100