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PEtab-dev

6 repositorios indexados · Ver en GitHub

PEtab
PEtab - an SBML and TSV based data format for parameter estimation problems in systems biology

66 estrellas
libpetab-python
Python package for working with PEtab files

Python · 18 estrellas
petab_select
Model selection for PEtab

Python · 14 estrellas
petab_sciml
Exchangeable data format for training Scientific Machine Learning (SciML) models

Python · 11 estrellas
petab_test_suite
PEtab test suite

Python · 6 estrellas
petab_sciml_testsuite

Julia · 0 estrellas

Para principiantes Todo

Abierto Todos

Improve model abstractions Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

PEtab-dev/libpetab-python#518 · Abierto el 7/9/2026
Consider extending the test suite to BNGL Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

PEtab-dev/petab_test_suite#117 · Abierto el 14/8/2026
Mapping table contributions to parameter table validation (SciML use case) Abierto

validation

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

PEtab-dev/libpetab-python#494 · 1 comentario · Abierto el 26/6/2026
Linter Abierto

PEtab-dev/petab_sciml#69 · 7 comentarios · 1 asignado · Abierto el 24/2/2026
Automatic hybridization of NN model inputs and outputs Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 42/100

PEtab-dev/petab_sciml#66 · Abierto el 20/2/2026
Add design principles page Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 38/100

PEtab-dev/petab_sciml#50 · 4 comentarios · Abierto el 21/1/2026
v2: Combining experiment and condition tables Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

PEtab-dev/PEtab#657 · 1 comentario · Abierto el 1/1/2026
Include residuals and likelihoods in simulation tables Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

PEtab-dev/petab_test_suite#100 · Abierto el 12/12/2025
Support for discrete noise distributions Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

PEtab-dev/libpetab-python#466 · Abierto el 3/12/2025
Add tests for all noise distributions Abierto

new test case v2

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

PEtab-dev/petab_test_suite#95 · Abierto el 2/12/2025
Poisson and negative binomial distributions for parameter priors and noise models Abierto

v2

PEtab-dev/PEtab#653 · 3 comentarios · 1 reacción · 1 asignado · Abierto el 12/11/2025
DMM tutorial multiple simulation conditions Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 25/100

PEtab-dev/petab_sciml#40 · Abierto el 5/11/2025
Add CLI for petab v1->v2 conversion Abierto

enhancement

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

PEtab-dev/libpetab-python#453 · Abierto el 29/10/2025
Docs ways to inspect model selection results Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

PEtab-dev/petab_select#163 · Abierto el 16/10/2025
Doc unusual behavior of forward/backward methods Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 45/100

PEtab-dev/petab_select#162 · Abierto el 16/10/2025
Add goodness-of-fit and residual plots to visualization examples Abierto

documentation

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

PEtab-dev/libpetab-python#439 · Abierto el 19/9/2025
API for renaming PEtab entities Abierto

enhancement

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

PEtab-dev/libpetab-python#438 · Abierto el 19/9/2025
Test suite TODO Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 15/100

PEtab-dev/petab_sciml_testsuite#9 · 3 comentarios · Abierto el 24/7/2025
Remove `v2.Problem.*_df` Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

PEtab-dev/libpetab-python#409 · Abierto el 21/7/2025
v2: Add how-tos Abierto

documentation

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

PEtab-dev/PEtab#637 · 1 comentario · 1 reacción · Abierto el 9/7/2025
v2: Visualization functions Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

PEtab-dev/libpetab-python#398 · Abierto el 2/7/2025
Document release process Abierto

documentation

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

PEtab-dev/libpetab-python#396 · Abierto el 2/7/2025
Documentation TODOs Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 48/100

PEtab-dev/petab_sciml#23 · 1 comentario · Abierto el 25/6/2025
Subset priors Abierto

PEtab-dev/petab_select#159 · 1 reacción · 1 asignado · Abierto el 15/6/2025
v2: Handle multi-model problems Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

PEtab-dev/libpetab-python#392 · 2 comentarios · Abierto el 5/6/2025
Change RTD blue square to avoid clash with logo text Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 35/100

PEtab-dev/petab_select#158 · Abierto el 20/5/2025
v2: add clarification sentence about simulation start time and end times Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

PEtab-dev/PEtab#626 · 4 comentarios · Abierto el 7/5/2025
split standard and package into separate repos Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 15/100

PEtab-dev/petab_select#157 · Abierto el 30/4/2025
`analyze.compute_weights` does not permit a `str`-type criterion argument Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 42/100

PEtab-dev/petab_select#156 · Abierto el 22/4/2025
v2: Update validator Abierto

validation

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 30/100

PEtab-dev/libpetab-python#369 · Abierto el 28/3/2025
Add CLI to docs Abierto

Dificultad 1/5 Menos de una hora Aptitud para principiantes 45/100

PEtab-dev/petab_select#155 · Abierto el 16/3/2025
Update README Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 45/100

PEtab-dev/petab_select#154 · Abierto el 23/2/2025
Use different graph plotting library Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

PEtab-dev/petab_select#152 · Abierto el 14/2/2025
Manage state information more cleanly Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

PEtab-dev/petab_select#133 · Abierto el 4/1/2025
antlr runtime version Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 42/100

PEtab-dev/libpetab-python#344 · 4 comentarios · Abierto el 18/12/2024
PEtab SciML TODO Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

PEtab-dev/petab_sciml#11 · 6 comentarios · 1 reacción · Abierto el 18/12/2024
Interaction of parameter bounds and parameter priors Abierto

question v1

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 20/100

PEtab-dev/PEtab#591 · Abierto el 11/12/2024
More introductory text in docs Abierto

fixed in next release

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 35/100

PEtab-dev/petab_select#118 · Abierto el 19/11/2024
`flatten_timepoint_specific_output_overrides` should not do anything if there are no timepoint-specific output parameters Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

PEtab-dev/libpetab-python#314 · Abierto el 17/10/2024
Add functionality for computing posteriors Abierto

enhancement

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

PEtab-dev/libpetab-python#312 · 2 reacciones · Abierto el 15/10/2024
Refactor priors Abierto

enhancement

PEtab-dev/libpetab-python#311 · 2 reacciones · 1 asignado · Abierto el 15/10/2024
Feature to automate handling of replicate data Abierto

PEtab-dev/libpetab-python#310 · 1 comentario · 1 asignado · Abierto el 8/10/2024
PEtab Simulator update_parameters Abierto

enhancement

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

PEtab-dev/libpetab-python#305 · 2 reacciones · Abierto el 15/8/2024
Replace individual dataframe arguments by Problem objects Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

PEtab-dev/libpetab-python#301 · 1 reacción · Abierto el 2/7/2024
v2 validation: atomize checks Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

PEtab-dev/libpetab-python#289 · 1 reacción · Abierto el 29/6/2024
Integration of extensions Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

PEtab-dev/libpetab-python#273 · 2 comentarios · Abierto el 25/6/2024
Add test with multiple models Abierto

new test case v2

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

PEtab-dev/petab_test_suite#66 · Abierto el 25/6/2024
composite problem Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

PEtab-dev/libpetab-python#265 · 4 comentarios · Abierto el 2/6/2024
Add test case with parameters with initial assignments Abierto

new test case v1

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 25/100

PEtab-dev/petab_test_suite#61 · Abierto el 5/3/2024
Wrong plot_goodness_of_fit if different order of rows in measurement_df and simulation_df Abierto

bug visualization

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

PEtab-dev/libpetab-python#247 · 1 comentario · 2 reacciones · Abierto el 27/2/2024

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