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PEtab - an SBML and TSV based data format for parameter estimation problems in systems biology

Estrellas: 66
Forks: 16
Issues abiertos para principiantes: 0
Issues indexados: 22
Merge medio: 3 h 2 min
PR fusionados (30 d): 10

Lenguaje dominante: Sin datos de lenguaje
Licencia: MIT
Último push a GitHub: 8/9/2026
Última indexación: 20/9/2026
Guía de contribución: Guía de contribución
Código de conducta: Sin código de conducta
Etiquetas para principiantes: Sin etiquetas para principiantes indexadas

Para principiantes Todo

Abierto Todos

22 issues abiertos indexados

v2: Combining experiment and condition tables Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

PEtab-dev/PEtab#657 · 1 comentario · Abierto el 1/1/2026
Poisson and negative binomial distributions for parameter priors and noise models Abierto

v2

PEtab-dev/PEtab#653 · 3 comentarios · 1 reacción · 1 asignado · Abierto el 12/11/2025
v2: Add how-tos Abierto

documentation

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

PEtab-dev/PEtab#637 · 1 comentario · 1 reacción · Abierto el 9/7/2025
v2: add clarification sentence about simulation start time and end times Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

PEtab-dev/PEtab#626 · 4 comentarios · Abierto el 7/5/2025
Interaction of parameter bounds and parameter priors Abierto

question v1

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 20/100

PEtab-dev/PEtab#591 · Abierto el 11/12/2024
Allow species in `yValues` of the visualization table Abierto

specification change visualization

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

PEtab-dev/PEtab#569 · 2 comentarios · 1 reacción · Abierto el 20/10/2023
PEtab extension for NLME Abierto

extension

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

PEtab-dev/PEtab#566 · 20 comentarios · 5 reacciones · Abierto el 2/8/2023
Clarification of condition table what happens if NaN is provided as a value Abierto

v1

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 35/100

PEtab-dev/PEtab#542 · Abierto el 16/5/2022
Clarification for condition table what happens if a parameter ID is provided as value Abierto

v1

Dificultad 1/5 Menos de una hora Aptitud para principiantes 55/100

PEtab-dev/PEtab#541 · 1 comentario · Abierto el 12/5/2022
Condition table not specified for parameters governed by rate rules Abierto

v1

Dificultad 1/5 Menos de una hora Aptitud para principiantes 45/100

PEtab-dev/PEtab#539 · 3 comentarios · Abierto el 30/3/2022
Specification for formula format Abierto

specification change v1

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

PEtab-dev/PEtab#522 · 1 comentario · 3 reacciones · Abierto el 12/4/2021
Clarify reinitialization for parameters in the condition table Abierto

v1

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

PEtab-dev/PEtab#513 · 7 comentarios · Abierto el 2/3/2021
Visualization: add option to scale data Abierto

question specification change visualization

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

PEtab-dev/PEtab#501 · Abierto el 21/1/2021
Specifying units Abierto

enhancement question specification change

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

PEtab-dev/PEtab#500 · 1 comentario · 4 reacciones · Abierto el 20/1/2021
Visualization specification: Is tsv the right choice? Abierto

question specification change visualization

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 20/100

PEtab-dev/PEtab#499 · 2 comentarios · Abierto el 18/1/2021
Visualization: allow grouping plots? Abierto

question specification change visualization

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

PEtab-dev/PEtab#498 · 1 reacción · Abierto el 18/1/2021
Extension to correlated observables Abierto

enhancement specification change

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

PEtab-dev/PEtab#495 · Abierto el 8/1/2021
Add support for non-SBML models Abierto

enhancement specification change

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 20/100

PEtab-dev/PEtab#436 · 6 comentarios · Abierto el 10/5/2020
Add support for ordinal / qualitative data Abierto

specification change

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

PEtab-dev/PEtab#425 · Abierto el 2/4/2020
uniform vs. logUniform prior Abierto

enhancement question v1

PEtab-dev/PEtab#402 · 30 comentarios · 10 asignados · Abierto el 22/3/2020
allow formulation of additional constraints Abierto

specification change

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 30/100

PEtab-dev/PEtab#375 · 9 comentarios · Abierto el 10/3/2020
Can condition tables refer to parameters introduced in {observable,noise}Formula? Abierto

question specification change v1

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 20/100

PEtab-dev/PEtab#362 · 2 comentarios · Abierto el 2/3/2020

PEtab-dev/PEtab

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