PEtab-dev/PEtab

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PEtab - an SBML and TSV based data format for parameter estimation problems in systems biology

Sterne: 66
Forks: 16
Offene Anfänger-Issues: 0
Indexierte Issues: 22
Ø Merge: 3 Std. 2 Min.
Gemergte PRs (30 T.): 10

Vorherrschende Sprache: Keine Sprachdaten
Lizenz: MIT
Letzter GitHub-Push: 08.9.2026
Zuletzt indexiert: 20.9.2026
Beitragsleitfaden: Beitragsleitfaden
Verhaltenskodex: Kein Verhaltenskodex
Anfänger-Labels: Keine Anfänger-Labels indexiert

Einsteigerfreundlich Alles

Offen Alle

Bisher 22 offene Issues indexiert

v2: Combining experiment and condition tables Offen

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 25/100

PEtab-dev/PEtab#657 · 1 Kommentar · Erstellt am 01.1.2026
Poisson and negative binomial distributions for parameter priors and noise models Offen

v2

PEtab-dev/PEtab#653 · 3 Kommentare · 1 Reaktion · 1 zugewiesene Person · Erstellt am 12.11.2025
v2: Add how-tos Offen

documentation

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 25/100

PEtab-dev/PEtab#637 · 1 Kommentar · 1 Reaktion · Erstellt am 09.7.2025
v2: add clarification sentence about simulation start time and end times Offen

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100

PEtab-dev/PEtab#626 · 4 Kommentare · Erstellt am 07.5.2025
Interaction of parameter bounds and parameter priors Offen

question v1

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 20/100

PEtab-dev/PEtab#591 · Erstellt am 11.12.2024
Allow species in `yValues` of the visualization table Offen

specification change visualization

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100

PEtab-dev/PEtab#569 · 2 Kommentare · 1 Reaktion · Erstellt am 20.10.2023
PEtab extension for NLME Offen

extension

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 25/100

PEtab-dev/PEtab#566 · 20 Kommentare · 5 Reaktionen · Erstellt am 02.8.2023
Clarification of condition table what happens if NaN is provided as a value Offen

v1

Schwierigkeit 2/5 1-3 Stunden Anfängerfreundlichkeit 35/100

PEtab-dev/PEtab#542 · Erstellt am 16.5.2022
Clarification for condition table what happens if a parameter ID is provided as value Offen

v1

Schwierigkeit 1/5 Unter einer Stunde Anfängerfreundlichkeit 55/100

PEtab-dev/PEtab#541 · 1 Kommentar · Erstellt am 12.5.2022
Condition table not specified for parameters governed by rate rules Offen

v1

Schwierigkeit 1/5 Unter einer Stunde Anfängerfreundlichkeit 45/100

PEtab-dev/PEtab#539 · 3 Kommentare · Erstellt am 30.3.2022
Specification for formula format Offen

specification change v1

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 25/100

PEtab-dev/PEtab#522 · 1 Kommentar · 3 Reaktionen · Erstellt am 12.4.2021
Clarify reinitialization for parameters in the condition table Offen

v1

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 25/100

PEtab-dev/PEtab#513 · 7 Kommentare · Erstellt am 02.3.2021
Visualization: add option to scale data Offen

question specification change visualization

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 25/100

PEtab-dev/PEtab#501 · Erstellt am 21.1.2021
Specifying units Offen

enhancement question specification change

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 25/100

PEtab-dev/PEtab#500 · 1 Kommentar · 4 Reaktionen · Erstellt am 20.1.2021
Visualization specification: Is tsv the right choice? Offen

question specification change visualization

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 20/100

PEtab-dev/PEtab#499 · 2 Kommentare · Erstellt am 18.1.2021
Visualization: allow grouping plots? Offen

question specification change visualization

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 25/100

PEtab-dev/PEtab#498 · 1 Reaktion · Erstellt am 18.1.2021
Extension to correlated observables Offen

enhancement specification change

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 25/100

PEtab-dev/PEtab#495 · Erstellt am 08.1.2021
Add support for non-SBML models Offen

enhancement specification change

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 20/100

PEtab-dev/PEtab#436 · 6 Kommentare · Erstellt am 10.5.2020
Add support for ordinal / qualitative data Offen

specification change

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 25/100

PEtab-dev/PEtab#425 · Erstellt am 02.4.2020
uniform vs. logUniform prior Offen

enhancement question v1

PEtab-dev/PEtab#402 · 30 Kommentare · 10 zugewiesene Personen · Erstellt am 22.3.2020
allow formulation of additional constraints Offen

specification change

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 30/100

PEtab-dev/PEtab#375 · 9 Kommentare · Erstellt am 10.3.2020
Can condition tables refer to parameters introduced in {observable,noise}Formula? Offen

question specification change v1

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 20/100

PEtab-dev/PEtab#362 · 2 Kommentare · Erstellt am 02.3.2020

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