PEtab-dev/PEtab

Vedi su GitHub

PEtab - an SBML and TSV based data format for parameter estimation problems in systems biology

Stelle: 66
Fork: 16
Issue aperte per principianti: 0
Issue indicizzate: 22
Merge medio: 3h 2m
PR unite (30g): 10

Lingua principale: Nessun dato sulla lingua
Licenza: MIT
Ultimo push su GitHub: 8/9/2026
Ultima indicizzazione: 20/9/2026
Guida per i contributori: Guida per i contributori
Codice di condotta: Nessun codice di condotta
Label per principianti: Nessuna label per principianti indicizzata

Adatte ai principianti Tutto

Aperta Tutte

22 issue aperte indicizzate

v2: Combining experiment and condition tables Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

PEtab-dev/PEtab#657 · 1 commento · Aperta il 1/1/2026
Poisson and negative binomial distributions for parameter priors and noise models Aperta

v2

PEtab-dev/PEtab#653 · 3 commenti · 1 reazione · 1 assegnatario · Aperta il 12/11/2025
v2: Add how-tos Aperta

documentation

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

PEtab-dev/PEtab#637 · 1 commento · 1 reazione · Aperta il 9/7/2025
v2: add clarification sentence about simulation start time and end times Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

PEtab-dev/PEtab#626 · 4 commenti · Aperta il 7/5/2025
Interaction of parameter bounds and parameter priors Aperta

question v1

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 20/100

PEtab-dev/PEtab#591 · Aperta il 11/12/2024
Allow species in `yValues` of the visualization table Aperta

specification change visualization

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

PEtab-dev/PEtab#569 · 2 commenti · 1 reazione · Aperta il 20/10/2023
PEtab extension for NLME Aperta

extension

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

PEtab-dev/PEtab#566 · 20 commenti · 5 reazioni · Aperta il 2/8/2023
Clarification of condition table what happens if NaN is provided as a value Aperta

v1

Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 35/100

PEtab-dev/PEtab#542 · Aperta il 16/5/2022
Clarification for condition table what happens if a parameter ID is provided as value Aperta

v1

Difficoltà 1/5 Meno di un'ora Idoneità per principianti 55/100

PEtab-dev/PEtab#541 · 1 commento · Aperta il 12/5/2022
Condition table not specified for parameters governed by rate rules Aperta

v1

Difficoltà 1/5 Meno di un'ora Idoneità per principianti 45/100

PEtab-dev/PEtab#539 · 3 commenti · Aperta il 30/3/2022
Specification for formula format Aperta

specification change v1

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

PEtab-dev/PEtab#522 · 1 commento · 3 reazioni · Aperta il 12/4/2021
Clarify reinitialization for parameters in the condition table Aperta

v1

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

PEtab-dev/PEtab#513 · 7 commenti · Aperta il 2/3/2021
Visualization: add option to scale data Aperta

question specification change visualization

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

PEtab-dev/PEtab#501 · Aperta il 21/1/2021
Specifying units Aperta

enhancement question specification change

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

PEtab-dev/PEtab#500 · 1 commento · 4 reazioni · Aperta il 20/1/2021
Visualization specification: Is tsv the right choice? Aperta

question specification change visualization

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 20/100

PEtab-dev/PEtab#499 · 2 commenti · Aperta il 18/1/2021
Visualization: allow grouping plots? Aperta

question specification change visualization

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

PEtab-dev/PEtab#498 · 1 reazione · Aperta il 18/1/2021
Extension to correlated observables Aperta

enhancement specification change

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

PEtab-dev/PEtab#495 · Aperta il 8/1/2021
Add support for non-SBML models Aperta

enhancement specification change

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 20/100

PEtab-dev/PEtab#436 · 6 commenti · Aperta il 10/5/2020
Add support for ordinal / qualitative data Aperta

specification change

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

PEtab-dev/PEtab#425 · Aperta il 2/4/2020
uniform vs. logUniform prior Aperta

enhancement question v1

PEtab-dev/PEtab#402 · 30 commenti · 10 assegnatari · Aperta il 22/3/2020
allow formulation of additional constraints Aperta

specification change

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 30/100

PEtab-dev/PEtab#375 · 9 commenti · Aperta il 10/3/2020
Can condition tables refer to parameters introduced in {observable,noise}Formula? Aperta

question specification change v1

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 20/100

PEtab-dev/PEtab#362 · 2 commenti · Aperta il 2/3/2020

PEtab-dev/PEtab

Ricevi le nuove issue nella tua casella