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PEtab-dev

6 indexierte Repositories · Auf GitHub ansehen

PEtab
PEtab - an SBML and TSV based data format for parameter estimation problems in systems biology

66 Sterne
libpetab-python
Python package for working with PEtab files

Python · 18 Sterne
petab_select
Model selection for PEtab

Python · 14 Sterne
petab_sciml
Exchangeable data format for training Scientific Machine Learning (SciML) models

Python · 11 Sterne
petab_test_suite
PEtab test suite

Python · 6 Sterne
petab_sciml_testsuite

Julia · 0 Sterne

Einsteigerfreundlich Alles

Offen Alle

Improve model abstractions Offen

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 25/100

PEtab-dev/libpetab-python#518 · Erstellt am 07.9.2026
Consider extending the test suite to BNGL Offen

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 45/100

PEtab-dev/petab_test_suite#117 · Erstellt am 14.8.2026
Mapping table contributions to parameter table validation (SciML use case) Offen

validation

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 35/100

PEtab-dev/libpetab-python#494 · 1 Kommentar · Erstellt am 26.6.2026
Linter Offen

PEtab-dev/petab_sciml#69 · 7 Kommentare · 1 zugewiesene Person · Erstellt am 24.2.2026
Automatic hybridization of NN model inputs and outputs Offen

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 42/100

PEtab-dev/petab_sciml#66 · Erstellt am 20.2.2026
Add design principles page Offen

Schwierigkeit 2/5 1-3 Stunden Anfängerfreundlichkeit 38/100

PEtab-dev/petab_sciml#50 · 4 Kommentare · Erstellt am 21.1.2026
v2: Combining experiment and condition tables Offen

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 25/100

PEtab-dev/PEtab#657 · 1 Kommentar · Erstellt am 01.1.2026
Include residuals and likelihoods in simulation tables Offen

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100

PEtab-dev/petab_test_suite#100 · Erstellt am 12.12.2025
Support for discrete noise distributions Offen

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100

PEtab-dev/libpetab-python#466 · Erstellt am 03.12.2025
Add tests for all noise distributions Offen

new test case v2

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100

PEtab-dev/petab_test_suite#95 · Erstellt am 02.12.2025
Poisson and negative binomial distributions for parameter priors and noise models Offen

v2

PEtab-dev/PEtab#653 · 3 Kommentare · 1 Reaktion · 1 zugewiesene Person · Erstellt am 12.11.2025
DMM tutorial multiple simulation conditions Offen

Schwierigkeit 2/5 1-3 Stunden Anfängerfreundlichkeit 25/100

PEtab-dev/petab_sciml#40 · Erstellt am 05.11.2025
Add CLI for petab v1->v2 conversion Offen

enhancement

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 45/100

PEtab-dev/libpetab-python#453 · Erstellt am 29.10.2025
Docs ways to inspect model selection results Offen

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100

PEtab-dev/petab_select#163 · Erstellt am 16.10.2025
Doc unusual behavior of forward/backward methods Offen

Schwierigkeit 2/5 1-3 Stunden Anfängerfreundlichkeit 45/100

PEtab-dev/petab_select#162 · Erstellt am 16.10.2025
Add goodness-of-fit and residual plots to visualization examples Offen

documentation

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 45/100

PEtab-dev/libpetab-python#439 · Erstellt am 19.9.2025
API for renaming PEtab entities Offen

enhancement

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 25/100

PEtab-dev/libpetab-python#438 · Erstellt am 19.9.2025
Test suite TODO Offen

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 15/100

PEtab-dev/petab_sciml_testsuite#9 · 3 Kommentare · Erstellt am 24.7.2025
Remove `v2.Problem.*_df` Offen

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 45/100

PEtab-dev/libpetab-python#409 · Erstellt am 21.7.2025
v2: Add how-tos Offen

documentation

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 25/100

PEtab-dev/PEtab#637 · 1 Kommentar · 1 Reaktion · Erstellt am 09.7.2025
v2: Visualization functions Offen

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 25/100

PEtab-dev/libpetab-python#398 · Erstellt am 02.7.2025
Document release process Offen

documentation

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100

PEtab-dev/libpetab-python#396 · Erstellt am 02.7.2025
Documentation TODOs Offen

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 48/100

PEtab-dev/petab_sciml#23 · 1 Kommentar · Erstellt am 25.6.2025
Subset priors Offen

PEtab-dev/petab_select#159 · 1 Reaktion · 1 zugewiesene Person · Erstellt am 15.6.2025
v2: Handle multi-model problems Offen

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 25/100

PEtab-dev/libpetab-python#392 · 2 Kommentare · Erstellt am 05.6.2025
Change RTD blue square to avoid clash with logo text Offen

Schwierigkeit 2/5 1-3 Stunden Anfängerfreundlichkeit 35/100

PEtab-dev/petab_select#158 · Erstellt am 20.5.2025
v2: add clarification sentence about simulation start time and end times Offen

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100

PEtab-dev/PEtab#626 · 4 Kommentare · Erstellt am 07.5.2025
split standard and package into separate repos Offen

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 15/100

PEtab-dev/petab_select#157 · Erstellt am 30.4.2025
`analyze.compute_weights` does not permit a `str`-type criterion argument Offen

Schwierigkeit 2/5 1-3 Stunden Anfängerfreundlichkeit 42/100

PEtab-dev/petab_select#156 · Erstellt am 22.4.2025
v2: Update validator Offen

validation

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 30/100

PEtab-dev/libpetab-python#369 · Erstellt am 28.3.2025
Add CLI to docs Offen

Schwierigkeit 1/5 Unter einer Stunde Anfängerfreundlichkeit 45/100

PEtab-dev/petab_select#155 · Erstellt am 16.3.2025
Update README Offen

Schwierigkeit 2/5 1-3 Stunden Anfängerfreundlichkeit 45/100

PEtab-dev/petab_select#154 · Erstellt am 23.2.2025
Use different graph plotting library Offen

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 25/100

PEtab-dev/petab_select#152 · Erstellt am 14.2.2025
Manage state information more cleanly Offen

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 35/100

PEtab-dev/petab_select#133 · Erstellt am 04.1.2025
antlr runtime version Offen

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 42/100

PEtab-dev/libpetab-python#344 · 4 Kommentare · Erstellt am 18.12.2024
PEtab SciML TODO Offen

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 25/100

PEtab-dev/petab_sciml#11 · 6 Kommentare · 1 Reaktion · Erstellt am 18.12.2024
Interaction of parameter bounds and parameter priors Offen

question v1

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 20/100

PEtab-dev/PEtab#591 · Erstellt am 11.12.2024
More introductory text in docs Offen

fixed in next release

Schwierigkeit 2/5 1-3 Stunden Anfängerfreundlichkeit 35/100

PEtab-dev/petab_select#118 · Erstellt am 19.11.2024
`flatten_timepoint_specific_output_overrides` should not do anything if there are no timepoint-specific output parameters Offen

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 45/100

PEtab-dev/libpetab-python#314 · Erstellt am 17.10.2024
Add functionality for computing posteriors Offen

enhancement

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100

PEtab-dev/libpetab-python#312 · 2 Reaktionen · Erstellt am 15.10.2024
Refactor priors Offen

enhancement

PEtab-dev/libpetab-python#311 · 2 Reaktionen · 1 zugewiesene Person · Erstellt am 15.10.2024
Feature to automate handling of replicate data Offen

PEtab-dev/libpetab-python#310 · 1 Kommentar · 1 zugewiesene Person · Erstellt am 08.10.2024
PEtab Simulator update_parameters Offen

enhancement

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100

PEtab-dev/libpetab-python#305 · 2 Reaktionen · Erstellt am 15.8.2024
Replace individual dataframe arguments by Problem objects Offen

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 25/100

PEtab-dev/libpetab-python#301 · 1 Reaktion · Erstellt am 02.7.2024
v2 validation: atomize checks Offen

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 25/100

PEtab-dev/libpetab-python#289 · 1 Reaktion · Erstellt am 29.6.2024
Integration of extensions Offen

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 25/100

PEtab-dev/libpetab-python#273 · 2 Kommentare · Erstellt am 25.6.2024
Add test with multiple models Offen

new test case v2

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 25/100

PEtab-dev/petab_test_suite#66 · Erstellt am 25.6.2024
composite problem Offen

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100

PEtab-dev/libpetab-python#265 · 4 Kommentare · Erstellt am 02.6.2024
Add test case with parameters with initial assignments Offen

new test case v1

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 25/100

PEtab-dev/petab_test_suite#61 · Erstellt am 05.3.2024
Wrong plot_goodness_of_fit if different order of rows in measurement_df and simulation_df Offen

bug visualization

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 45/100

PEtab-dev/libpetab-python#247 · 1 Kommentar · 2 Reaktionen · Erstellt am 27.2.2024

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