PEtab-dev / PEtab-dev/libpetab-python

v2: Update validator

Offen
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validation
Vorherrschende Sprache
Python
Sterne
18
Forks
9
PR-Merge-Kennzahlen
Keine gemergten PRs in 30 T.

Beschreibung

So far, validation in petab.v2 is too lax and validator errors aren't too pretty and are often truncated.

  • Readable error message
  • include sufficient context in error messages
  • Check for missing columns in files
  • Consider using strict mode for validating files, but be more relaxed when programmatically constructing PEtab objects
  • Decide whether we need to be able to de-serialize (somewhat) incorrect PEtab problems

Beitragsleitfaden

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Erste Schritte

  1. Lies das ganze Issue und danach den Beitragsleitfaden des Projekts.
  2. Schreib ins Issue, dass du es übernimmst — das erspart doppelte Arbeit.
  3. Forke das Repository und arbeite in einem Branch.
  4. Öffne einen Pull Request, der die Issue-Nummer nennt.

Rechercherichtung

The issue identifies validation in petab.v2 but names no files or tests. Start by locating the v2 validator and its validation tests, then separate missing-column checks from the strict-mode and deserialization decisions. Done requires an agreed scope and completion of the selected checklist items without truncated or context-poor errors.

Vom Indexierungsmodell aus dem Issue-Text verfasst.

Bewertung

Tech-Stack
python
Bereich
backend, testing-qa
Issue-Typ
Feature
Schwierigkeit
5/5
Geschätzter Aufwand
Über eine Woche
Aktivitätsstatus
Veraltet
Klarheit
Muss geklärt werden
Anfängerfreundlichkeit
30/100

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