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v2: Update validator

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validation
主要语言
Python
星标
18
派生
9
PR 合并指标
30 天内没有已合并 PR

描述

So far, validation in petab.v2 is too lax and validator errors aren't too pretty and are often truncated.

  • Readable error message
  • include sufficient context in error messages
  • Check for missing columns in files
  • Consider using strict mode for validating files, but be more relaxed when programmatically constructing PEtab objects
  • Decide whether we need to be able to de-serialize (somewhat) incorrect PEtab problems

贡献指南

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  1. 先读完整个 Issue,再读项目的贡献指南。
  2. 在 Issue 下留言说明你要接手 —— 这能避免两个人做同样的事。
  3. Fork 仓库,在一个分支上完成修改。
  4. 提交 Pull Request,并在描述里引用这个 Issue 编号。

调研方向

The issue identifies validation in petab.v2 but names no files or tests. Start by locating the v2 validator and its validation tests, then separate missing-column checks from the strict-mode and deserialization decisions. Done requires an agreed scope and completion of the selected checklist items without truncated or context-poor errors.

由索引模型根据 Issue 内容生成。

评估

技术栈
python
领域
backend, testing-qa
Issue 类型
功能
难度
5/5
预计耗时
一周以上
活跃度
停滞
描述清晰度
需要澄清
新手友好度
30/100

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