PEtab-dev / PEtab-dev/libpetab-python
Improve error handling in Problem.from_yaml - parameter_file
Aberta
Ninguém assumiu esta issue ainda.
- Linguagem predominante
- Python
- Estrelas
- 18
- Forks
- 9
- Métricas de merge de PRs
- Nenhum PR com merge em 30d
Descrição
Missing parameter_file in the yaml file should provide a proper error message instead of just a KeyError:
File petab/problem.py:259, in Problem.from_yaml(yaml_config)
255 warn("Support for PEtab2.0 is experimental!")
257 problem0 = yaml_config['problems'][0]
--> 259 if isinstance(yaml_config[PARAMETER_FILE], list):
260 parameter_df = parameters.get_parameter_df([
261 get_path(f)
262 for f in yaml_config[PARAMETER_FILE]
263 ])
264 else:
KeyError: 'parameter_file'
Also applies to sbml_files in --> 270 if len(problem0[SBML_FILES]) > 1:
Guia de contribuição
Primeiros passos
- Leia a issue inteira e depois o guia de contribuição do projeto.
- Comente na issue dizendo que vai assumir — evita que duas pessoas façam o mesmo trabalho.
- Faça um fork do repositório e trabalhe em uma branch.
- Abra um pull request que referencie o número da issue.
Direção de pesquisa
Read Problem.from_yaml in petab/problem.py at the parameter_file and sbml_files accesses. Check the surrounding YAML parsing behavior, then exercise inputs missing each key and verify they produce clear errors rather than raw KeyError exceptions.
Escrita pelo modelo de indexação a partir do texto da issue.
Avaliação
- Stack de tecnologia
- python
- Domínio
- backend
- Tipo de issue
- Bug
- Dificuldade
- 2/5
- Tempo estimado
- 1-3 horas
- Status de atividade
- Estagnada
- Clareza
- Razoavelmente clara
- Facilidade para iniciantes
- 48/100