PEtab-dev / PEtab-dev/libpetab-python
Improve error handling in Problem.from_yaml - parameter_file
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- 主要語言
- Python
- 星號
- 18
- 分支
- 9
- PR 合併指標
- 30 天內沒有已合併 PR
描述
Missing parameter_file in the yaml file should provide a proper error message instead of just a KeyError:
File petab/problem.py:259, in Problem.from_yaml(yaml_config)
255 warn("Support for PEtab2.0 is experimental!")
257 problem0 = yaml_config['problems'][0]
--> 259 if isinstance(yaml_config[PARAMETER_FILE], list):
260 parameter_df = parameters.get_parameter_df([
261 get_path(f)
262 for f in yaml_config[PARAMETER_FILE]
263 ])
264 else:
KeyError: 'parameter_file'
Also applies to sbml_files in --> 270 if len(problem0[SBML_FILES]) > 1:
貢獻指南
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研究方向
Read Problem.from_yaml in petab/problem.py at the parameter_file and sbml_files accesses. Check the surrounding YAML parsing behavior, then exercise inputs missing each key and verify they produce clear errors rather than raw KeyError exceptions.
由索引模型根據 Issue 內容生成。
評估
- 技術堆疊
- python
- 領域
- backend
- Issue 類型
- 缺陷
- 難度
- 2/5
- 預估耗時
- 1-3 小時
- 活躍度
- 停滯
- 描述清晰度
- 基本清楚
- 新手友好度
- 48/100