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Improve error handling in Problem.from_yaml - parameter_file

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主要語言
Python
星號
18
分支
9
PR 合併指標
30 天內沒有已合併 PR

描述

Missing parameter_file in the yaml file should provide a proper error message instead of just a KeyError:

File petab/problem.py:259, in Problem.from_yaml(yaml_config)
    255     warn("Support for PEtab2.0 is experimental!")
    257 problem0 = yaml_config['problems'][0]
--> 259 if isinstance(yaml_config[PARAMETER_FILE], list):
    260     parameter_df = parameters.get_parameter_df([
    261         get_path(f)
    262         for f in yaml_config[PARAMETER_FILE]
    263     ])
    264 else:

KeyError: 'parameter_file'

Also applies to sbml_files in --> 270 if len(problem0[SBML_FILES]) > 1:

貢獻指南

開啟貢獻指南

從這裡開始

  1. 先讀完整個 Issue,再讀專案的貢獻指南。
  2. 在 Issue 下留言說明你要接手 —— 這能避免兩個人做同樣的事。
  3. Fork 儲存庫,在一個分支上完成修改。
  4. 送出 Pull Request,並在描述裡引用這個 Issue 編號。

研究方向

Read Problem.from_yaml in petab/problem.py at the parameter_file and sbml_files accesses. Check the surrounding YAML parsing behavior, then exercise inputs missing each key and verify they produce clear errors rather than raw KeyError exceptions.

由索引模型根據 Issue 內容生成。

評估

技術堆疊
python
領域
backend
Issue 類型
缺陷
難度
2/5
預估耗時
1-3 小時
活躍度
停滯
描述清晰度
基本清楚
新手友好度
48/100

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