PEtab-dev / PEtab-dev/libpetab-python
Improve error handling in Problem.from_yaml - parameter_file
Offen
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- Vorherrschende Sprache
- Python
- Sterne
- 18
- Forks
- 9
- PR-Merge-Kennzahlen
- Keine gemergten PRs in 30 T.
Beschreibung
Missing parameter_file in the yaml file should provide a proper error message instead of just a KeyError:
File petab/problem.py:259, in Problem.from_yaml(yaml_config)
255 warn("Support for PEtab2.0 is experimental!")
257 problem0 = yaml_config['problems'][0]
--> 259 if isinstance(yaml_config[PARAMETER_FILE], list):
260 parameter_df = parameters.get_parameter_df([
261 get_path(f)
262 for f in yaml_config[PARAMETER_FILE]
263 ])
264 else:
KeyError: 'parameter_file'
Also applies to sbml_files in --> 270 if len(problem0[SBML_FILES]) > 1:
Beitragsleitfaden
Erste Schritte
- Lies das ganze Issue und danach den Beitragsleitfaden des Projekts.
- Schreib ins Issue, dass du es übernimmst — das erspart doppelte Arbeit.
- Forke das Repository und arbeite in einem Branch.
- Öffne einen Pull Request, der die Issue-Nummer nennt.
Rechercherichtung
Read Problem.from_yaml in petab/problem.py at the parameter_file and sbml_files accesses. Check the surrounding YAML parsing behavior, then exercise inputs missing each key and verify they produce clear errors rather than raw KeyError exceptions.
Vom Indexierungsmodell aus dem Issue-Text verfasst.
Bewertung
- Tech-Stack
- python
- Bereich
- backend
- Issue-Typ
- Bug
- Schwierigkeit
- 2/5
- Geschätzter Aufwand
- 1-3 Stunden
- Aktivitätsstatus
- Veraltet
- Klarheit
- Größtenteils klar
- Anfängerfreundlichkeit
- 48/100