PEtab-dev / PEtab-dev/libpetab-python
Improve error handling in Problem.from_yaml - parameter_file
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- 主要言語
- Python
- スター
- 18
- フォーク
- 9
- PR マージ指標
- 30日以内にマージされた PR はありません
説明
Missing parameter_file in the yaml file should provide a proper error message instead of just a KeyError:
File petab/problem.py:259, in Problem.from_yaml(yaml_config)
255 warn("Support for PEtab2.0 is experimental!")
257 problem0 = yaml_config['problems'][0]
--> 259 if isinstance(yaml_config[PARAMETER_FILE], list):
260 parameter_df = parameters.get_parameter_df([
261 get_path(f)
262 for f in yaml_config[PARAMETER_FILE]
263 ])
264 else:
KeyError: 'parameter_file'
Also applies to sbml_files in --> 270 if len(problem0[SBML_FILES]) > 1:
コントリビューションガイド
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
調査の方向性
Read Problem.from_yaml in petab/problem.py at the parameter_file and sbml_files accesses. Check the surrounding YAML parsing behavior, then exercise inputs missing each key and verify they produce clear errors rather than raw KeyError exceptions.
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
評価
- 技術スタック
- python
- 領域
- backend
- issue の種類
- バグ
- 難易度
- 2/5
- 見積もり時間
- 1〜3時間
- 活発さ
- 停滞
- 明瞭さ
- おおむね明確
- 初心者へのやさしさ
- 48/100