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Improve error handling in Problem.from_yaml - parameter_file

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主要言語
Python
スター
18
フォーク
9
PR マージ指標
30日以内にマージされた PR はありません

説明

Missing parameter_file in the yaml file should provide a proper error message instead of just a KeyError:

File petab/problem.py:259, in Problem.from_yaml(yaml_config)
    255     warn("Support for PEtab2.0 is experimental!")
    257 problem0 = yaml_config['problems'][0]
--> 259 if isinstance(yaml_config[PARAMETER_FILE], list):
    260     parameter_df = parameters.get_parameter_df([
    261         get_path(f)
    262         for f in yaml_config[PARAMETER_FILE]
    263     ])
    264 else:

KeyError: 'parameter_file'

Also applies to sbml_files in --> 270 if len(problem0[SBML_FILES]) > 1:

コントリビューションガイド

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はじめの一歩

  1. issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
  2. 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
  3. リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
  4. issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。

調査の方向性

Read Problem.from_yaml in petab/problem.py at the parameter_file and sbml_files accesses. Check the surrounding YAML parsing behavior, then exercise inputs missing each key and verify they produce clear errors rather than raw KeyError exceptions.

索引モデルが issue の本文から書いたものです。

評価

技術スタック
python
領域
backend
issue の種類
バグ
難易度
2/5
見積もり時間
1〜3時間
活発さ
停滞
明瞭さ
おおむね明確
初心者へのやさしさ
48/100

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