PEtab-dev / PEtab-dev/libpetab-python
Improve error handling in Problem.from_yaml - parameter_file
Đang mở
Chưa có ai nhận issue này.
- Ngôn ngữ chính
- Python
- Star
- 18
- Fork
- 9
- Chỉ số merge pull request
- Không có pull request nào được merge trong 30 ngày
Mô tả
Missing parameter_file in the yaml file should provide a proper error message instead of just a KeyError:
File petab/problem.py:259, in Problem.from_yaml(yaml_config)
255 warn("Support for PEtab2.0 is experimental!")
257 problem0 = yaml_config['problems'][0]
--> 259 if isinstance(yaml_config[PARAMETER_FILE], list):
260 parameter_df = parameters.get_parameter_df([
261 get_path(f)
262 for f in yaml_config[PARAMETER_FILE]
263 ])
264 else:
KeyError: 'parameter_file'
Also applies to sbml_files in --> 270 if len(problem0[SBML_FILES]) > 1:
Hướng dẫn đóng góp
Bắt đầu từ đâu
- Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
- Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
- Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
- Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.
Hướng nghiên cứu
Read Problem.from_yaml in petab/problem.py at the parameter_file and sbml_files accesses. Check the surrounding YAML parsing behavior, then exercise inputs missing each key and verify they produce clear errors rather than raw KeyError exceptions.
Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.
Đánh giá
- Công nghệ
- python
- Lĩnh vực
- backend
- Loại issue
- Lỗi
- Độ khó
- 2/5
- Thời gian dự kiến
- 1-3 giờ
- Mức độ hoạt động
- Đình trệ
- Độ rõ ràng
- Khá rõ ràng
- Mức phù hợp với người mới
- 48/100