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Improve error handling in Problem.from_yaml - parameter_file

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主要语言
Python
星标
18
派生
9
PR 合并指标
30 天内没有已合并 PR

描述

Missing parameter_file in the yaml file should provide a proper error message instead of just a KeyError:

File petab/problem.py:259, in Problem.from_yaml(yaml_config)
    255     warn("Support for PEtab2.0 is experimental!")
    257 problem0 = yaml_config['problems'][0]
--> 259 if isinstance(yaml_config[PARAMETER_FILE], list):
    260     parameter_df = parameters.get_parameter_df([
    261         get_path(f)
    262         for f in yaml_config[PARAMETER_FILE]
    263     ])
    264 else:

KeyError: 'parameter_file'

Also applies to sbml_files in --> 270 if len(problem0[SBML_FILES]) > 1:

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调研方向

Read Problem.from_yaml in petab/problem.py at the parameter_file and sbml_files accesses. Check the surrounding YAML parsing behavior, then exercise inputs missing each key and verify they produce clear errors rather than raw KeyError exceptions.

由索引模型根据 Issue 内容生成。

评估

技术栈
python
领域
backend
Issue 类型
缺陷
难度
2/5
预计耗时
1-3 小时
活跃度
停滞
描述清晰度
基本清楚
新手友好度
48/100

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