PEtab-dev / PEtab-dev/libpetab-python
Improve error handling in Problem.from_yaml - parameter_file
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- 主要语言
- Python
- 星标
- 18
- 派生
- 9
- PR 合并指标
- 30 天内没有已合并 PR
描述
Missing parameter_file in the yaml file should provide a proper error message instead of just a KeyError:
File petab/problem.py:259, in Problem.from_yaml(yaml_config)
255 warn("Support for PEtab2.0 is experimental!")
257 problem0 = yaml_config['problems'][0]
--> 259 if isinstance(yaml_config[PARAMETER_FILE], list):
260 parameter_df = parameters.get_parameter_df([
261 get_path(f)
262 for f in yaml_config[PARAMETER_FILE]
263 ])
264 else:
KeyError: 'parameter_file'
Also applies to sbml_files in --> 270 if len(problem0[SBML_FILES]) > 1:
贡献指南
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调研方向
Read Problem.from_yaml in petab/problem.py at the parameter_file and sbml_files accesses. Check the surrounding YAML parsing behavior, then exercise inputs missing each key and verify they produce clear errors rather than raw KeyError exceptions.
由索引模型根据 Issue 内容生成。
评估
- 技术栈
- python
- 领域
- backend
- Issue 类型
- 缺陷
- 难度
- 2/5
- 预计耗时
- 1-3 小时
- 活跃度
- 停滞
- 描述清晰度
- 基本清楚
- 新手友好度
- 48/100