PEtab-dev / PEtab-dev/libpetab-python
writer functions do not perform sanity checks + use misleading options for writing tsv
Ninguém assumiu esta issue ainda.
- Linguagem predominante
- Python
- Estrelas
- 18
- Forks
- 9
- Métricas de merge de PRs
- Nenhum PR com merge em 30d
Descrição
When having dedicated writer functions such as petab.conditions.write_condition_df etc, I would actually expect that they perform some kind of sanity check on the output. Having pretty bare wrappers around pd.to_csv doesn't seem to helpful, especially since the writers use index=True, which is not consistent with the providede spec and, since the readers don't use index_col=0, leaves an Unnamed 0 column in the imported DataFrame.
Guia de contribuição
Primeiros passos
- Leia a issue inteira e depois o guia de contribuição do projeto.
- Comente na issue dizendo que vai assumir — evita que duas pessoas façam o mesmo trabalho.
- Faça um fork do repositório e trabalhe em uma branch.
- Abra um pull request que referencie o número da issue.
Direção de pesquisa
Start with the dedicated writer entry points mentioned, such as petab.conditions.write_condition_df, and trace their pd.to_csv options alongside the corresponding readers. Compare the output with the PEtab specification and verify that imported DataFrames do not gain an Unnamed 0 column. Done means the writers perform the required sanity checks and use consistent TSV-writing options.
Escrita pelo modelo de indexação a partir do texto da issue.
Avaliação
- Stack de tecnologia
- pandas, python
- Domínio
- data
- Tipo de issue
- Bug
- Dificuldade
- 4/5
- Tempo estimado
- 3-5 dias
- Status de atividade
- Estagnada
- Clareza
- Razoavelmente clara
- Facilidade para iniciantes
- 35/100