PEtab-dev / PEtab-dev/libpetab-python

writer functions do not perform sanity checks + use misleading options for writing tsv

Aberta
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Ninguém assumiu esta issue ainda.

Linguagem predominante
Python
Estrelas
18
Forks
9
Métricas de merge de PRs
Nenhum PR com merge em 30d

Descrição

When having dedicated writer functions such as petab.conditions.write_condition_df etc, I would actually expect that they perform some kind of sanity check on the output. Having pretty bare wrappers around pd.to_csv doesn't seem to helpful, especially since the writers use index=True, which is not consistent with the providede spec and, since the readers don't use index_col=0, leaves an Unnamed 0 column in the imported DataFrame.

Guia de contribuição

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Primeiros passos

  1. Leia a issue inteira e depois o guia de contribuição do projeto.
  2. Comente na issue dizendo que vai assumir — evita que duas pessoas façam o mesmo trabalho.
  3. Faça um fork do repositório e trabalhe em uma branch.
  4. Abra um pull request que referencie o número da issue.

Direção de pesquisa

Start with the dedicated writer entry points mentioned, such as petab.conditions.write_condition_df, and trace their pd.to_csv options alongside the corresponding readers. Compare the output with the PEtab specification and verify that imported DataFrames do not gain an Unnamed 0 column. Done means the writers perform the required sanity checks and use consistent TSV-writing options.

Escrita pelo modelo de indexação a partir do texto da issue.

Avaliação

Stack de tecnologia
pandas, python
Domínio
data
Tipo de issue
Bug
Dificuldade
4/5
Tempo estimado
3-5 dias
Status de atividade
Estagnada
Clareza
Razoavelmente clara
Facilidade para iniciantes
35/100

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