PEtab-dev / PEtab-dev/libpetab-python
writer functions do not perform sanity checks + use misleading options for writing tsv
Personne n'a encore pris cette issue.
- Langage dominant
- Python
- Étoiles
- 18
- Forks
- 9
- Métriques de merge des PR
- Aucune PR mergée en 30 j
Description
When having dedicated writer functions such as petab.conditions.write_condition_df etc, I would actually expect that they perform some kind of sanity check on the output. Having pretty bare wrappers around pd.to_csv doesn't seem to helpful, especially since the writers use index=True, which is not consistent with the providede spec and, since the readers don't use index_col=0, leaves an Unnamed 0 column in the imported DataFrame.
Guide de contribution
Ouvrir le guide de contribution
Par où commencer
- Lisez l'issue en entier, puis le guide de contribution du projet.
- Signalez en commentaire que vous la prenez — cela évite que deux personnes fassent le même travail.
- Forkez le dépôt et travaillez sur une branche.
- Ouvrez une pull request qui référence le numéro de l'issue.
Piste de recherche
Start with the dedicated writer entry points mentioned, such as petab.conditions.write_condition_df, and trace their pd.to_csv options alongside the corresponding readers. Compare the output with the PEtab specification and verify that imported DataFrames do not gain an Unnamed 0 column. Done means the writers perform the required sanity checks and use consistent TSV-writing options.
Rédigé par le modèle d'indexation à partir du texte de l'issue.
Évaluation
- Stack technique
- pandas, python
- Domaine
- data
- Type d'issue
- Bug
- Difficulté
- 4/5
- Temps estimé
- 3-5 jours
- Activité
- À l'abandon
- Clarté
- Plutôt claire
- Accessibilité débutants
- 35/100