PEtab-dev / PEtab-dev/libpetab-python

writer functions do not perform sanity checks + use misleading options for writing tsv

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Langage dominant
Python
Étoiles
18
Forks
9
Métriques de merge des PR
Aucune PR mergée en 30 j

Description

When having dedicated writer functions such as petab.conditions.write_condition_df etc, I would actually expect that they perform some kind of sanity check on the output. Having pretty bare wrappers around pd.to_csv doesn't seem to helpful, especially since the writers use index=True, which is not consistent with the providede spec and, since the readers don't use index_col=0, leaves an Unnamed 0 column in the imported DataFrame.

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Piste de recherche

Start with the dedicated writer entry points mentioned, such as petab.conditions.write_condition_df, and trace their pd.to_csv options alongside the corresponding readers. Compare the output with the PEtab specification and verify that imported DataFrames do not gain an Unnamed 0 column. Done means the writers perform the required sanity checks and use consistent TSV-writing options.

Rédigé par le modèle d'indexation à partir du texte de l'issue.

Évaluation

Stack technique
pandas, python
Domaine
data
Type d'issue
Bug
Difficulté
4/5
Temps estimé
3-5 jours
Activité
À l'abandon
Clarté
Plutôt claire
Accessibilité débutants
35/100

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