PEtab-dev / PEtab-dev/libpetab-python

Integration of extensions

Aberta
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Linguagem predominante
Python
Estrelas
18
Forks
9
Métricas de merge de PRs
Nenhum PR com merge em 30d

Descrição

With PEtab v2 we will introduce extensions to PEtab that will add new functionality. (In exceptional cases, extensions might also change some existing rules, but this is for another issue). For example, there is petab-select for model selection, units support for PEtab, and there were discussions to move the petab v1 visualization functionality to an extension.

Ideally, those extensions would be able to extend the current PEtab validator. Possibly they would also want to extend the petab.Problem API. Not sure what else.

The question is, whether those extensions should be directly incorporated here in libpetab, or whether we provide some plugin mechanism (via pluggy?). Currently, I'd prefer the latter, to avoid bloating this library and allow for mostly independent development of the extensions. However, this might make it difficult to handle any interaction of extensions. Happy to discuss other options and relevant points for plugins to modify libpetab behaviour.

Guia de contribuição

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Primeiros passos

  1. Leia a issue inteira e depois o guia de contribuição do projeto.
  2. Comente na issue dizendo que vai assumir — evita que duas pessoas façam o mesmo trabalho.
  3. Faça um fork do repositório e trabalhe em uma branch.
  4. Abra um pull request que referencie o número da issue.

Direção de pesquisa

Start by reading PEtab v2 extensions in PR #537, then review the current PEtab validator and petab.Problem API mentioned in the issue. Compare direct incorporation with a pluggy-based mechanism, including how extensions might interact. Done means documenting and implementing an agreed extension integration design.

Escrita pelo modelo de indexação a partir do texto da issue.

Avaliação

Stack de tecnologia
python
Domínio
backend-api-design
Tipo de issue
Funcionalidade
Dificuldade
5/5
Tempo estimado
Mais de uma semana
Status de atividade
Estagnada
Clareza
Precisa de esclarecimento
Facilidade para iniciantes
25/100

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