DeepGraphLearning / DeepGraphLearning/PerturbDiff
Inference
Chưa có ai nhận issue này.
- Ngôn ngữ chính
- Python
- Star
- 63
- Fork
- 10
- Chỉ số merge pull request
- Không có pull request nào được merge trong 30 ngày
Mô tả
Thanks for the work!
How can I use your model finetuned on tahoe for instance to predict the gene expression matrix of cells perturbed by a drug given my own gene expression matrix of control cells? That would a very useful notebook to have :).
Raf
Hướng dẫn đóng góp
Chưa lập chỉ mục được hướng dẫn đóng góp cho kho mã nguồn này
Bắt đầu từ đâu
- Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
- Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
- Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
- Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.
Hướng nghiên cứu
Bắt đầu bằng việc xác định mô hình được fine-tune trên Tahoe và bất kỳ inference entry point hiện có nào, sau đó kiểm tra cách các ma trận biểu hiện gene đối chứng và các perturbation của thuốc được biểu diễn. Xác định một notebook nhận ma trận đối chứng của người dùng, áp dụng mô hình và minh họa việc dự đoán ma trận biểu hiện của các tế bào bị perturbation.
Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.
Đánh giá
- Công nghệ
- python
- Lĩnh vực
- bioinformatics, machine-learning
- Loại issue
- Tính năng
- Độ khó
- 4/5
- Thời gian dự kiến
- 3-5 ngày
- Mức độ hoạt động
- Sôi nổi
- Độ rõ ràng
- Cần làm rõ
- Mức phù hợp với người mới
- 45/100