DeepGraphLearning / DeepGraphLearning/PerturbDiff
Inference
Dieses Issue hat noch niemand übernommen.
- Vorherrschende Sprache
- Python
- Sterne
- 63
- Forks
- 10
- PR-Merge-Kennzahlen
- Keine gemergten PRs in 30 T.
Beschreibung
Thanks for the work!
How can I use your model finetuned on tahoe for instance to predict the gene expression matrix of cells perturbed by a drug given my own gene expression matrix of control cells? That would a very useful notebook to have :).
Raf
Beitragsleitfaden
Für dieses Repository ist kein Beitragsleitfaden indexiert
Erste Schritte
- Lies das ganze Issue und danach den Beitragsleitfaden des Projekts.
- Schreib ins Issue, dass du es übernimmst — das erspart doppelte Arbeit.
- Forke das Repository und arbeite in einem Branch.
- Öffne einen Pull Request, der die Issue-Nummer nennt.
Rechercherichtung
Beginne damit, das auf Tahoe feinabgestimmte Modell und einen vorhandenen Inference-Einstiegspunkt zu finden, und untersuche anschließend, wie Kontroll-Gene-Expressionsmatrizen und Wirkstoffperturbationen dargestellt werden. Definiere ein Notebook, das die Kontrollmatrix eines Benutzers akzeptiert, das Modell anwendet und die Vorhersage der Expressionsmatrix der perturbierten Zellen demonstriert.
Vom Indexierungsmodell aus dem Issue-Text verfasst.
Bewertung
- Tech-Stack
- python
- Bereich
- bioinformatics, machine-learning
- Issue-Typ
- Feature
- Schwierigkeit
- 4/5
- Geschätzter Aufwand
- 3-5 Tage
- Aktivitätsstatus
- Aktiv
- Klarheit
- Muss geklärt werden
- Anfängerfreundlichkeit
- 45/100