DeepGraphLearning / DeepGraphLearning/PerturbDiff
Inference
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- Lingua principale
- Python
- Stelle
- 63
- Fork
- 10
- Metriche di merge delle PR
- Nessuna PR unita negli ultimi 30g
Descrizione
Thanks for the work!
How can I use your model finetuned on tahoe for instance to predict the gene expression matrix of cells perturbed by a drug given my own gene expression matrix of control cells? That would a very useful notebook to have :).
Raf
Guida per i contributori
Nessuna guida per i contributori indicizzata per questo repository
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
Direzione di ricerca
Inizia individuando il modello sottoposto a fine-tuning su Tahoe e qualsiasi punto di ingresso di inferenza esistente, quindi esamina come sono rappresentate le matrici di espressione genica di controllo e le perturbazioni farmacologiche. Definisci un notebook che accetti la matrice di controllo di un utente, applichi il modello e dimostri la previsione della matrice di espressione delle cellule perturbate.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Valutazione
- Stack tecnologico
- python
- Ambito
- bioinformatics, machine-learning
- Tipo di issue
- Funzionalità
- Difficoltà
- 4/5
- Tempo stimato
- 3-5 giorni
- Stato di attività
- Attiva
- Chiarezza
- Da chiarire
- Idoneità per principianti
- 45/100