DeepGraphLearning / DeepGraphLearning/PerturbDiff
Inference
Nadie ha tomado este issue todavía.
- Lenguaje dominante
- Python
- Estrellas
- 63
- Forks
- 10
- Métricas de merge de PR
- Sin PR fusionados en 30 d
Descripción
Thanks for the work!
How can I use your model finetuned on tahoe for instance to predict the gene expression matrix of cells perturbed by a drug given my own gene expression matrix of control cells? That would a very useful notebook to have :).
Raf
Guía de contribución
No hay ninguna guía de contribución indexada para este repositorio
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
Línea de trabajo
Comienza localizando el modelo ajustado con fine-tuning en Tahoe y cualquier punto de entrada de inferencia existente; después, inspecciona cómo se representan las matrices de expresión génica de control y las perturbaciones de fármacos. Define un notebook que acepte la matriz de control de un usuario, aplique el modelo y demuestre la predicción de la matriz de expresión de las células perturbadas.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Evaluación
- Stack tecnológico
- python
- Área
- bioinformatics, machine-learning
- Tipo de issue
- Nueva funcionalidad
- Dificultad
- 4/5
- Tiempo estimado
- 3-5 días
- Estado de actividad
- Activo
- Claridad
- Necesita aclaración
- Aptitud para principiantes
- 45/100