plotly / plotly/plotly.R

Feature suggestion, integration with gggenes

Đang mở
#2,258 0 bình luận 1 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Chưa có ai nhận issue này.

Ngôn ngữ chính
R
Star
2.7k
Fork
641
Chỉ số merge pull request
Không có pull request nào được merge trong 30 ngày

Mô tả

Hey folks,

First of all, thank you so much for the library!

This is rather a feature suggestion than an issue, I wonder if you could implement wrappers to integrate gggenes library (https://wilkox.org/gggenes/) with plotly. I really need an interactive versions of genome annotation graphs.


Code I used.

p <- ggplot(phage_genes, aes(xmin = start, xmax = end, y = molecule)) +
  facet_wrap(~ molecule, scales = "free", ncol = 1) +
  geom_gene_arrow(fill = "grey") +
  geom_subgene_arrow(data = phage_annotations,
                     aes(xmin = start, xmax = end, y = molecule, fill = subgene,
                         xsubmin = from, xsubmax = to), color="black", alpha=.7) +
  labs(y='Genome ID', fill='Annotation ID', color=" ", shape=" ")+
  theme_genes() 

ggplotly(p)

Currently, it returns these errors:

  https://github.com/ropensci/plotly/issuesWarning: geom_GeomSubgeneArrow() has yet to be implemented in plotly.
  If you'd like to see this geom implemented,
  Please open an issue with your example code at

  https://github.com/ropensci/plotly/issuesWarning: geom_GeomGeneArrow() has yet to be implemented in plotly.
  If you'd like to see this geom implemented,
  Please open an issue with your example code at
  https://github.com/ropensci/plotly/issuesWarning

Hướng dẫn đóng góp

Mở hướng dẫn đóng góp

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Hướng nghiên cứu

Bắt đầu bằng cách tái hiện ví dụ R được cung cấp bằng gggenes và ggplotly, tập trung vào geom_GeneArrow và geom_SubgeneArrow. Theo dõi cách các geom ggplot hiện có được xử lý trong plotly.R. Được xem là hoàn tất khi ví dụ tạo ra một biểu đồ chú thích bộ gen tương tác mà không có bất kỳ cảnh báo nào trong hai cảnh báo về geom chưa được triển khai.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Đánh giá

Công nghệ
r
Lĩnh vực
data-visualization
Loại issue
Tính năng
Độ khó
5/5
Thời gian dự kiến
Hơn một tuần
Mức độ hoạt động
Đình trệ
Độ rõ ràng
Khá rõ ràng
Mức phù hợp với người mới
35/100

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.