plotly / plotly/plotly.R

Feature suggestion, integration with gggenes

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Lingua principale
R
Stelle
2.7k
Fork
641
Metriche di merge delle PR
Nessuna PR unita negli ultimi 30g

Descrizione

Hey folks,

First of all, thank you so much for the library!

This is rather a feature suggestion than an issue, I wonder if you could implement wrappers to integrate gggenes library (https://wilkox.org/gggenes/) with plotly. I really need an interactive versions of genome annotation graphs.


Code I used.

p <- ggplot(phage_genes, aes(xmin = start, xmax = end, y = molecule)) +
  facet_wrap(~ molecule, scales = "free", ncol = 1) +
  geom_gene_arrow(fill = "grey") +
  geom_subgene_arrow(data = phage_annotations,
                     aes(xmin = start, xmax = end, y = molecule, fill = subgene,
                         xsubmin = from, xsubmax = to), color="black", alpha=.7) +
  labs(y='Genome ID', fill='Annotation ID', color=" ", shape=" ")+
  theme_genes() 

ggplotly(p)

Currently, it returns these errors:

  https://github.com/ropensci/plotly/issuesWarning: geom_GeomSubgeneArrow() has yet to be implemented in plotly.
  If you'd like to see this geom implemented,
  Please open an issue with your example code at

  https://github.com/ropensci/plotly/issuesWarning: geom_GeomGeneArrow() has yet to be implemented in plotly.
  If you'd like to see this geom implemented,
  Please open an issue with your example code at
  https://github.com/ropensci/plotly/issuesWarning

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Come iniziare

  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
  2. Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
  3. Fai un fork del repository e lavora su un branch.
  4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

Direzione di ricerca

Inizia riproducendo l’esempio R fornito usando gggenes e ggplotly, concentrandoti su geom_GeneArrow e geom_SubgeneArrow. Traccia il modo in cui i geoms ggplot esistenti vengono gestiti in plotly.R. Il lavoro è completato quando l’esempio produce un grafico interattivo di annotazione del genoma senza nessuno dei due avvisi relativi a geoms non implementati.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Valutazione

Stack tecnologico
r
Ambito
data-visualization
Tipo di issue
Funzionalità
Difficoltà
5/5
Tempo stimato
Più di una settimana
Stato di attività
Ferma
Chiarezza
Abbastanza chiara
Idoneità per principianti
35/100

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