Feature suggestion, integration with gggenes
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- Lingua principale
- R
- Stelle
- 2.7k
- Fork
- 641
- Metriche di merge delle PR
- Nessuna PR unita negli ultimi 30g
Descrizione
Hey folks,
First of all, thank you so much for the library!
This is rather a feature suggestion than an issue, I wonder if you could implement wrappers to integrate gggenes library (https://wilkox.org/gggenes/) with plotly. I really need an interactive versions of genome annotation graphs.
Code I used.
p <- ggplot(phage_genes, aes(xmin = start, xmax = end, y = molecule)) +
facet_wrap(~ molecule, scales = "free", ncol = 1) +
geom_gene_arrow(fill = "grey") +
geom_subgene_arrow(data = phage_annotations,
aes(xmin = start, xmax = end, y = molecule, fill = subgene,
xsubmin = from, xsubmax = to), color="black", alpha=.7) +
labs(y='Genome ID', fill='Annotation ID', color=" ", shape=" ")+
theme_genes()
ggplotly(p)
Currently, it returns these errors:
https://github.com/ropensci/plotly/issuesWarning: geom_GeomSubgeneArrow() has yet to be implemented in plotly.
If you'd like to see this geom implemented,
Please open an issue with your example code at
https://github.com/ropensci/plotly/issuesWarning: geom_GeomGeneArrow() has yet to be implemented in plotly.
If you'd like to see this geom implemented,
Please open an issue with your example code at
https://github.com/ropensci/plotly/issuesWarning
Guida per i contributori
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Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
Direzione di ricerca
Inizia riproducendo l’esempio R fornito usando gggenes e ggplotly, concentrandoti su geom_GeneArrow e geom_SubgeneArrow. Traccia il modo in cui i geoms ggplot esistenti vengono gestiti in plotly.R. Il lavoro è completato quando l’esempio produce un grafico interattivo di annotazione del genoma senza nessuno dei due avvisi relativi a geoms non implementati.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Valutazione
- Stack tecnologico
- r
- Ambito
- data-visualization
- Tipo di issue
- Funzionalità
- Difficoltà
- 5/5
- Tempo stimato
- Più di una settimana
- Stato di attività
- Ferma
- Chiarezza
- Abbastanza chiara
- Idoneità per principianti
- 35/100