plotly / plotly/plotly.R

Feature suggestion, integration with gggenes

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Langage dominant
R
Étoiles
2.7k
Forks
641
Métriques de merge des PR
Aucune PR mergée en 30 j

Description

Hey folks,

First of all, thank you so much for the library!

This is rather a feature suggestion than an issue, I wonder if you could implement wrappers to integrate gggenes library (https://wilkox.org/gggenes/) with plotly. I really need an interactive versions of genome annotation graphs.


Code I used.

p <- ggplot(phage_genes, aes(xmin = start, xmax = end, y = molecule)) +
  facet_wrap(~ molecule, scales = "free", ncol = 1) +
  geom_gene_arrow(fill = "grey") +
  geom_subgene_arrow(data = phage_annotations,
                     aes(xmin = start, xmax = end, y = molecule, fill = subgene,
                         xsubmin = from, xsubmax = to), color="black", alpha=.7) +
  labs(y='Genome ID', fill='Annotation ID', color=" ", shape=" ")+
  theme_genes() 

ggplotly(p)

Currently, it returns these errors:

  https://github.com/ropensci/plotly/issuesWarning: geom_GeomSubgeneArrow() has yet to be implemented in plotly.
  If you'd like to see this geom implemented,
  Please open an issue with your example code at

  https://github.com/ropensci/plotly/issuesWarning: geom_GeomGeneArrow() has yet to be implemented in plotly.
  If you'd like to see this geom implemented,
  Please open an issue with your example code at
  https://github.com/ropensci/plotly/issuesWarning

Guide de contribution

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Par où commencer

  1. Lisez l'issue en entier, puis le guide de contribution du projet.
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Piste de recherche

Commencez par reproduire l’exemple R fourni avec gggenes et ggplotly, en vous concentrant sur geom_GeneArrow et geom_SubgeneArrow. Suivez la manière dont les geoms ggplot existants sont gérés dans plotly.R. C’est terminé lorsque l’exemple produit un graphique interactif d’annotation du génome sans aucune des deux alertes concernant des geoms non implémentés.

Rédigé par le modèle d'indexation à partir du texte de l'issue.

Évaluation

Stack technique
r
Domaine
data-visualization
Type d'issue
Fonctionnalité
Difficulté
5/5
Temps estimé
Plus d'une semaine
Activité
À l'abandon
Clarté
Plutôt claire
Accessibilité débutants
35/100

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