plotly / plotly/plotly.R

Feature suggestion, integration with gggenes

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Lenguaje dominante
R
Estrellas
2.7k
Forks
641
Métricas de merge de PR
Sin PR fusionados en 30 d

Descripción

Hey folks,

First of all, thank you so much for the library!

This is rather a feature suggestion than an issue, I wonder if you could implement wrappers to integrate gggenes library (https://wilkox.org/gggenes/) with plotly. I really need an interactive versions of genome annotation graphs.


Code I used.

p <- ggplot(phage_genes, aes(xmin = start, xmax = end, y = molecule)) +
  facet_wrap(~ molecule, scales = "free", ncol = 1) +
  geom_gene_arrow(fill = "grey") +
  geom_subgene_arrow(data = phage_annotations,
                     aes(xmin = start, xmax = end, y = molecule, fill = subgene,
                         xsubmin = from, xsubmax = to), color="black", alpha=.7) +
  labs(y='Genome ID', fill='Annotation ID', color=" ", shape=" ")+
  theme_genes() 

ggplotly(p)

Currently, it returns these errors:

  https://github.com/ropensci/plotly/issuesWarning: geom_GeomSubgeneArrow() has yet to be implemented in plotly.
  If you'd like to see this geom implemented,
  Please open an issue with your example code at

  https://github.com/ropensci/plotly/issuesWarning: geom_GeomGeneArrow() has yet to be implemented in plotly.
  If you'd like to see this geom implemented,
  Please open an issue with your example code at
  https://github.com/ropensci/plotly/issuesWarning

Guía de contribución

Abrir la guía de contribución

Primeros pasos

  1. Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
  2. Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
  3. Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
  4. Abre un pull request que haga referencia al número del issue.

Línea de trabajo

Comienza reproduciendo el ejemplo de R proporcionado usando gggenes y ggplotly, centrándote en geom_GeneArrow y geom_SubgeneArrow. Rastrea cómo se gestionan los geoms existentes de ggplot en plotly.R. Se considera terminado cuando el ejemplo produce un gráfico interactivo de anotación del genoma sin ninguna de las dos advertencias de geom no implementado.

Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.

Evaluación

Stack tecnológico
r
Área
data-visualization
Tipo de issue
Nueva funcionalidad
Dificultad
5/5
Tiempo estimado
Más de una semana
Estado de actividad
Estancado
Claridad
Bastante claro
Aptitud para principiantes
35/100

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