plotly / plotly/plotly.R

Feature suggestion, integration with gggenes

Offen
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Vorherrschende Sprache
R
Sterne
2.7k
Forks
641
PR-Merge-Kennzahlen
Keine gemergten PRs in 30 T.

Beschreibung

Hey folks,

First of all, thank you so much for the library!

This is rather a feature suggestion than an issue, I wonder if you could implement wrappers to integrate gggenes library (https://wilkox.org/gggenes/) with plotly. I really need an interactive versions of genome annotation graphs.


Code I used.

p <- ggplot(phage_genes, aes(xmin = start, xmax = end, y = molecule)) +
  facet_wrap(~ molecule, scales = "free", ncol = 1) +
  geom_gene_arrow(fill = "grey") +
  geom_subgene_arrow(data = phage_annotations,
                     aes(xmin = start, xmax = end, y = molecule, fill = subgene,
                         xsubmin = from, xsubmax = to), color="black", alpha=.7) +
  labs(y='Genome ID', fill='Annotation ID', color=" ", shape=" ")+
  theme_genes() 

ggplotly(p)

Currently, it returns these errors:

  https://github.com/ropensci/plotly/issuesWarning: geom_GeomSubgeneArrow() has yet to be implemented in plotly.
  If you'd like to see this geom implemented,
  Please open an issue with your example code at

  https://github.com/ropensci/plotly/issuesWarning: geom_GeomGeneArrow() has yet to be implemented in plotly.
  If you'd like to see this geom implemented,
  Please open an issue with your example code at
  https://github.com/ropensci/plotly/issuesWarning

Beitragsleitfaden

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Erste Schritte

  1. Lies das ganze Issue und danach den Beitragsleitfaden des Projekts.
  2. Schreib ins Issue, dass du es übernimmst — das erspart doppelte Arbeit.
  3. Forke das Repository und arbeite in einem Branch.
  4. Öffne einen Pull Request, der die Issue-Nummer nennt.

Rechercherichtung

Beginne damit, das bereitgestellte R-Beispiel mit gggenes und ggplotly zu reproduzieren, wobei der Fokus auf geom_GeneArrow und geom_SubgeneArrow liegt. Verfolge, wie vorhandene ggplot-Geoms in plotly.R behandelt werden. Als abgeschlossen gilt die Aufgabe, wenn das Beispiel ein interaktives Genomannotierungsdiagramm ohne eine der beiden Warnungen zu nicht implementierten Geoms erzeugt.

Vom Indexierungsmodell aus dem Issue-Text verfasst.

Bewertung

Tech-Stack
r
Bereich
data-visualization
Issue-Typ
Feature
Schwierigkeit
5/5
Geschätzter Aufwand
Über eine Woche
Aktivitätsstatus
Veraltet
Klarheit
Größtenteils klar
Anfängerfreundlichkeit
35/100

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