Document custom ordination process

We have all the components (rarefaction, consolidation at family level, `prcomp` calls to get loadings, etc) needed to make a nice little helper function that does all the work, but those are also the steps that a user may want to do differently for their ordination. We don't have to come up with every possible parameter ahead of time for a helper function if we just provide an example script highlighting areas someone may want to tweak.

まず、R パッケージ内にある既存の rarefaction、family-level consolidation、prcomp の呼び出しを特定し、現在の例やドキュメントを確認します。ordination workflow と、ユーザーが変更したい可能性のある手順を示すサンプルスクリプトを追加します。完了の条件は、スクリプトが理解しやすく再現可能であることです。

索引モデルが issue の本文から書いたものです。