flake8 exclude list does not work

flake8 runs on files even if they are in the exclude list.

To reproduce:
1. Create a file called `.svn`.
2. Open it in Atom.
3. Change the grammar to MagicPython.
4. Type `1 + `.
5. Open the Linter pane and notice flake8 has raised W291 and E999.

`.svn`ファイルを作成し、MagicPythonを選択して、`1 + `と入力し、Linterペインを確認することで、Atomで問題を再現します。まず、flake8が除外リストをどのように受け取るかを追跡します；そこに記載されたファイルがlintされず、W291とE999のメッセージが表示されなくなれば完了です。

索引モデルが issue の本文から書いたものです。