flake8 exclude list does not work

flake8 runs on files even if they are in the exclude list.

To reproduce:
1. Create a file called `.svn`.
2. Open it in Atom.
3. Change the grammar to MagicPython.
4. Type `1 + `.
5. Open the Linter pane and notice flake8 has raised W291 and E999.

在 Atom 中创建一个 `.svn` 文件、选择 MagicPython、输入 `1 + ` 并检查 Linter 面板，以复现该问题。首先跟踪 flake8 如何接收排除列表；当其中列出的文件不再进行 lint，且 W291 和 E999 消息不再出现时，即表示完成。

由索引模型根据 Issue 内容生成。