Project-MONAI / Project-MONAI/tutorials

using collection names with spaces in them breaks tcia_dataset.ipynb

Đang mở
#876 3 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Chưa có ai nhận issue này.

Ngôn ngữ chính
Jupyter Notebook
Star
2.5k
Fork
803
Merge trung bình
6 ngày 22 giờ
Pull request đã merge (30 ngày)
3

Mô tả

Describe the bug
In the "Create TciaDataset" step of the notebook if you enter a collection with spaces (e.g. "Lung Phantom") into the collection variable it produces an error. Here is the relevant part of the code:

Let's take the "QIN-PROSTATE-Repeatability" collection for example

collection, seg_type = "QIN-PROSTATE-Repeatability", "SEG"

Here is the error:

KeyError Traceback (most recent call last)
in
5 transform = Compose(
6 [
----> 7 LoadImaged(reader="PydicomReader", keys=["image", "seg"], label_dict=TCIA_LABEL_DICT[collection]),
8 ]
9 )

KeyError: 'Lung Phantom'

Environment (please complete the following information):
I was working on Google Colab

Hướng dẫn đóng góp

Mở hướng dẫn đóng góp

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Hướng nghiên cứu

Bắt đầu trong tcia_dataset.ipynb tại bước “Create TciaDataset”, kiểm tra TCIA_LABEL_DICT[collection] và cấu hình LoadImaged. Tái hiện lỗi với collection “Lung Phantom” trong Google Colab; hoàn thành khi notebook chấp nhận tên collection chứa khoảng trắng mà không phát sinh KeyError.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Đánh giá

Công nghệ
jupyter-notebook
Lĩnh vực
data
Loại issue
Lỗi
Độ khó
3/5
Thời gian dự kiến
1-2 ngày
Mức độ hoạt động
Đình trệ
Độ rõ ràng
Khá rõ ràng
Mức phù hợp với người mới
45/100

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.