Project-MONAI / Project-MONAI/tutorials
using collection names with spaces in them breaks tcia_dataset.ipynb
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- Lenguaje dominante
- Jupyter Notebook
- Estrellas
- 2.5k
- Forks
- 803
- Merge medio
- 6 d 22 h
- PR fusionados (30 d)
- 3
Descripción
Describe the bug
In the "Create TciaDataset" step of the notebook if you enter a collection with spaces (e.g. "Lung Phantom") into the collection variable it produces an error. Here is the relevant part of the code:
Let's take the "QIN-PROSTATE-Repeatability" collection for example
collection, seg_type = "QIN-PROSTATE-Repeatability", "SEG"
Here is the error:
KeyError Traceback (most recent call last)
in
5 transform = Compose(
6 [
----> 7 LoadImaged(reader="PydicomReader", keys=["image", "seg"], label_dict=TCIA_LABEL_DICT[collection]),
8 ]
9 )
KeyError: 'Lung Phantom'
Environment (please complete the following information):
I was working on Google Colab
Guía de contribución
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
Línea de trabajo
Empieza en tcia_dataset.ipynb, en el paso «Create TciaDataset», examinando TCIA_LABEL_DICT[collection] y la configuración de LoadImaged. Reproduce el fallo con la colección «Lung Phantom» en Google Colab; se considera terminado cuando el notebook acepta nombres de colecciones que contienen espacios sin generar KeyError.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Evaluación
- Stack tecnológico
- jupyter-notebook
- Área
- data
- Tipo de issue
- Error
- Dificultad
- 3/5
- Tiempo estimado
- 1-2 días
- Estado de actividad
- Estancado
- Claridad
- Bastante claro
- Aptitud para principiantes
- 45/100