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using collection names with spaces in them breaks tcia_dataset.ipynb
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- Langage dominant
- Jupyter Notebook
- Étoiles
- 2.5k
- Forks
- 803
- Merge moyen
- 6 j 22 h
- PR mergées (30 j)
- 3
Description
Describe the bug
In the "Create TciaDataset" step of the notebook if you enter a collection with spaces (e.g. "Lung Phantom") into the collection variable it produces an error. Here is the relevant part of the code:
Let's take the "QIN-PROSTATE-Repeatability" collection for example
collection, seg_type = "QIN-PROSTATE-Repeatability", "SEG"
Here is the error:
KeyError Traceback (most recent call last)
in
5 transform = Compose(
6 [
----> 7 LoadImaged(reader="PydicomReader", keys=["image", "seg"], label_dict=TCIA_LABEL_DICT[collection]),
8 ]
9 )
KeyError: 'Lung Phantom'
Environment (please complete the following information):
I was working on Google Colab
Guide de contribution
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Par où commencer
- Lisez l'issue en entier, puis le guide de contribution du projet.
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Piste de recherche
Commencez dans tcia_dataset.ipynb à l’étape « Create TciaDataset », en examinant TCIA_LABEL_DICT[collection] et la configuration de LoadImaged. Reproduisez l’échec avec la collection « Lung Phantom » dans Google Colab ; c’est terminé lorsque le notebook accepte les noms de collections contenant des espaces sans lever de KeyError.
Rédigé par le modèle d'indexation à partir du texte de l'issue.
Évaluation
- Stack technique
- jupyter-notebook
- Domaine
- data
- Type d'issue
- Bug
- Difficulté
- 3/5
- Temps estimé
- 1-2 jours
- Activité
- À l'abandon
- Clarté
- Plutôt claire
- Accessibilité débutants
- 45/100