Project-MONAI / Project-MONAI/tutorials

using collection names with spaces in them breaks tcia_dataset.ipynb

Ouverte
#876 3 commentaires 0 réactions 0 personnes assignées Voir sur GitHub

Personne n'a encore pris cette issue.

Langage dominant
Jupyter Notebook
Étoiles
2.5k
Forks
803
Merge moyen
6 j 22 h
PR mergées (30 j)
3

Description

Describe the bug
In the "Create TciaDataset" step of the notebook if you enter a collection with spaces (e.g. "Lung Phantom") into the collection variable it produces an error. Here is the relevant part of the code:

Let's take the "QIN-PROSTATE-Repeatability" collection for example

collection, seg_type = "QIN-PROSTATE-Repeatability", "SEG"

Here is the error:

KeyError Traceback (most recent call last)
in
5 transform = Compose(
6 [
----> 7 LoadImaged(reader="PydicomReader", keys=["image", "seg"], label_dict=TCIA_LABEL_DICT[collection]),
8 ]
9 )

KeyError: 'Lung Phantom'

Environment (please complete the following information):
I was working on Google Colab

Guide de contribution

Ouvrir le guide de contribution

Par où commencer

  1. Lisez l'issue en entier, puis le guide de contribution du projet.
  2. Signalez en commentaire que vous la prenez — cela évite que deux personnes fassent le même travail.
  3. Forkez le dépôt et travaillez sur une branche.
  4. Ouvrez une pull request qui référence le numéro de l'issue.

Piste de recherche

Commencez dans tcia_dataset.ipynb à l’étape « Create TciaDataset », en examinant TCIA_LABEL_DICT[collection] et la configuration de LoadImaged. Reproduisez l’échec avec la collection « Lung Phantom » dans Google Colab ; c’est terminé lorsque le notebook accepte les noms de collections contenant des espaces sans lever de KeyError.

Rédigé par le modèle d'indexation à partir du texte de l'issue.

Évaluation

Stack technique
jupyter-notebook
Domaine
data
Type d'issue
Bug
Difficulté
3/5
Temps estimé
1-2 jours
Activité
À l'abandon
Clarté
Plutôt claire
Accessibilité débutants
45/100

Recevez les nouvelles issues par e-mail

Un résumé court des issues GitHub adaptées aux débutants.