Project-MONAI / Project-MONAI/tutorials
using collection names with spaces in them breaks tcia_dataset.ipynb
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- Lingua principale
- Jupyter Notebook
- Stelle
- 2.5k
- Fork
- 803
- Merge medio
- 6g 22h
- PR unite (30g)
- 3
Descrizione
Describe the bug
In the "Create TciaDataset" step of the notebook if you enter a collection with spaces (e.g. "Lung Phantom") into the collection variable it produces an error. Here is the relevant part of the code:
Let's take the "QIN-PROSTATE-Repeatability" collection for example
collection, seg_type = "QIN-PROSTATE-Repeatability", "SEG"
Here is the error:
KeyError Traceback (most recent call last)
in
5 transform = Compose(
6 [
----> 7 LoadImaged(reader="PydicomReader", keys=["image", "seg"], label_dict=TCIA_LABEL_DICT[collection]),
8 ]
9 )
KeyError: 'Lung Phantom'
Environment (please complete the following information):
I was working on Google Colab
Guida per i contributori
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Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
Direzione di ricerca
Inizia in tcia_dataset.ipynb al passaggio «Create TciaDataset», esaminando TCIA_LABEL_DICT[collection] e la configurazione di LoadImaged. Riproduci il problema con la raccolta «Lung Phantom» in Google Colab; il lavoro è completato quando il notebook accetta nomi di raccolte contenenti spazi senza sollevare KeyError.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Valutazione
- Stack tecnologico
- jupyter-notebook
- Ambito
- data
- Tipo di issue
- Bug
- Difficoltà
- 3/5
- Tempo stimato
- 1-2 giorni
- Stato di attività
- Ferma
- Chiarezza
- Abbastanza chiara
- Idoneità per principianti
- 45/100