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using collection names with spaces in them breaks tcia_dataset.ipynb

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Lingua principale
Jupyter Notebook
Stelle
2.5k
Fork
803
Merge medio
6g 22h
PR unite (30g)
3

Descrizione

Describe the bug
In the "Create TciaDataset" step of the notebook if you enter a collection with spaces (e.g. "Lung Phantom") into the collection variable it produces an error. Here is the relevant part of the code:

Let's take the "QIN-PROSTATE-Repeatability" collection for example

collection, seg_type = "QIN-PROSTATE-Repeatability", "SEG"

Here is the error:

KeyError Traceback (most recent call last)
in
5 transform = Compose(
6 [
----> 7 LoadImaged(reader="PydicomReader", keys=["image", "seg"], label_dict=TCIA_LABEL_DICT[collection]),
8 ]
9 )

KeyError: 'Lung Phantom'

Environment (please complete the following information):
I was working on Google Colab

Guida per i contributori

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Come iniziare

  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
  2. Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
  3. Fai un fork del repository e lavora su un branch.
  4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

Direzione di ricerca

Inizia in tcia_dataset.ipynb al passaggio «Create TciaDataset», esaminando TCIA_LABEL_DICT[collection] e la configurazione di LoadImaged. Riproduci il problema con la raccolta «Lung Phantom» in Google Colab; il lavoro è completato quando il notebook accetta nomi di raccolte contenenti spazi senza sollevare KeyError.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Valutazione

Stack tecnologico
jupyter-notebook
Ambito
data
Tipo di issue
Bug
Difficoltà
3/5
Tempo stimato
1-2 giorni
Stato di attività
Ferma
Chiarezza
Abbastanza chiara
Idoneità per principianti
45/100

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