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using collection names with spaces in them breaks tcia_dataset.ipynb

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主要言語
Jupyter Notebook
スター
2.5k
フォーク
803
平均マージ
6日 22時間
マージ済み PR(30日)
3

説明

Describe the bug
In the "Create TciaDataset" step of the notebook if you enter a collection with spaces (e.g. "Lung Phantom") into the collection variable it produces an error. Here is the relevant part of the code:

Let's take the "QIN-PROSTATE-Repeatability" collection for example

collection, seg_type = "QIN-PROSTATE-Repeatability", "SEG"

Here is the error:

KeyError Traceback (most recent call last)
in
5 transform = Compose(
6 [
----> 7 LoadImaged(reader="PydicomReader", keys=["image", "seg"], label_dict=TCIA_LABEL_DICT[collection]),
8 ]
9 )

KeyError: 'Lung Phantom'

Environment (please complete the following information):
I was working on Google Colab

コントリビューションガイド

コントリビューションガイドを開く

はじめの一歩

  1. issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
  2. 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
  3. リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
  4. issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。

調査の方向性

tcia_dataset.ipynb の「Create TciaDataset」ステップから始め、TCIA_LABEL_DICT[collection] と LoadImaged の設定を調べます。Google Colab で「Lung Phantom」コレクションを使って失敗を再現します。完了条件は、ノートブックがスペースを含むコレクション名を KeyError を発生させずに受け入れることです。

索引モデルが issue の本文から書いたものです。

評価

技術スタック
jupyter-notebook
領域
data
issue の種類
バグ
難易度
3/5
見積もり時間
1〜2日
活発さ
停滞
明瞭さ
おおむね明確
初心者へのやさしさ
45/100

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