Project-MONAI / Project-MONAI/tutorials
using collection names with spaces in them breaks tcia_dataset.ipynb
まだ誰も着手していません。
- 主要言語
- Jupyter Notebook
- スター
- 2.5k
- フォーク
- 803
- 平均マージ
- 6日 22時間
- マージ済み PR(30日)
- 3
説明
Describe the bug
In the "Create TciaDataset" step of the notebook if you enter a collection with spaces (e.g. "Lung Phantom") into the collection variable it produces an error. Here is the relevant part of the code:
Let's take the "QIN-PROSTATE-Repeatability" collection for example
collection, seg_type = "QIN-PROSTATE-Repeatability", "SEG"
Here is the error:
KeyError Traceback (most recent call last)
in
5 transform = Compose(
6 [
----> 7 LoadImaged(reader="PydicomReader", keys=["image", "seg"], label_dict=TCIA_LABEL_DICT[collection]),
8 ]
9 )
KeyError: 'Lung Phantom'
Environment (please complete the following information):
I was working on Google Colab
コントリビューションガイド
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
調査の方向性
tcia_dataset.ipynb の「Create TciaDataset」ステップから始め、TCIA_LABEL_DICT[collection] と LoadImaged の設定を調べます。Google Colab で「Lung Phantom」コレクションを使って失敗を再現します。完了条件は、ノートブックがスペースを含むコレクション名を KeyError を発生させずに受け入れることです。
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
評価
- 技術スタック
- jupyter-notebook
- 領域
- data
- issue の種類
- バグ
- 難易度
- 3/5
- 見積もり時間
- 1〜2日
- 活発さ
- 停滞
- 明瞭さ
- おおむね明確
- 初心者へのやさしさ
- 45/100