Project-MONAI / Project-MONAI/tutorials
using collection names with spaces in them breaks tcia_dataset.ipynb
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- Vorherrschende Sprache
- Jupyter Notebook
- Sterne
- 2.5k
- Forks
- 803
- Ø Merge
- 6 T. 22 Std.
- Gemergte PRs (30 T.)
- 3
Beschreibung
Describe the bug
In the "Create TciaDataset" step of the notebook if you enter a collection with spaces (e.g. "Lung Phantom") into the collection variable it produces an error. Here is the relevant part of the code:
Let's take the "QIN-PROSTATE-Repeatability" collection for example
collection, seg_type = "QIN-PROSTATE-Repeatability", "SEG"
Here is the error:
KeyError Traceback (most recent call last)
in
5 transform = Compose(
6 [
----> 7 LoadImaged(reader="PydicomReader", keys=["image", "seg"], label_dict=TCIA_LABEL_DICT[collection]),
8 ]
9 )
KeyError: 'Lung Phantom'
Environment (please complete the following information):
I was working on Google Colab
Beitragsleitfaden
Erste Schritte
- Lies das ganze Issue und danach den Beitragsleitfaden des Projekts.
- Schreib ins Issue, dass du es übernimmst — das erspart doppelte Arbeit.
- Forke das Repository und arbeite in einem Branch.
- Öffne einen Pull Request, der die Issue-Nummer nennt.
Rechercherichtung
Beginne in tcia_dataset.ipynb beim Schritt „Create TciaDataset“ und untersuche TCIA_LABEL_DICT[collection] sowie die LoadImaged-Konfiguration. Reproduziere den Fehler mit der Sammlung „Lung Phantom“ in Google Colab; abgeschlossen ist die Aufgabe, wenn das Notebook Sammlungsnamen mit Leerzeichen akzeptiert, ohne KeyError auszulösen.
Vom Indexierungsmodell aus dem Issue-Text verfasst.
Bewertung
- Tech-Stack
- jupyter-notebook
- Bereich
- data
- Issue-Typ
- Bug
- Schwierigkeit
- 3/5
- Geschätzter Aufwand
- 1-2 Tage
- Aktivitätsstatus
- Veraltet
- Klarheit
- Größtenteils klar
- Anfängerfreundlichkeit
- 45/100