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using collection names with spaces in them breaks tcia_dataset.ipynb

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Vorherrschende Sprache
Jupyter Notebook
Sterne
2.5k
Forks
803
Ø Merge
6 T. 22 Std.
Gemergte PRs (30 T.)
3

Beschreibung

Describe the bug
In the "Create TciaDataset" step of the notebook if you enter a collection with spaces (e.g. "Lung Phantom") into the collection variable it produces an error. Here is the relevant part of the code:

Let's take the "QIN-PROSTATE-Repeatability" collection for example

collection, seg_type = "QIN-PROSTATE-Repeatability", "SEG"

Here is the error:

KeyError Traceback (most recent call last)
in
5 transform = Compose(
6 [
----> 7 LoadImaged(reader="PydicomReader", keys=["image", "seg"], label_dict=TCIA_LABEL_DICT[collection]),
8 ]
9 )

KeyError: 'Lung Phantom'

Environment (please complete the following information):
I was working on Google Colab

Beitragsleitfaden

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Erste Schritte

  1. Lies das ganze Issue und danach den Beitragsleitfaden des Projekts.
  2. Schreib ins Issue, dass du es übernimmst — das erspart doppelte Arbeit.
  3. Forke das Repository und arbeite in einem Branch.
  4. Öffne einen Pull Request, der die Issue-Nummer nennt.

Rechercherichtung

Beginne in tcia_dataset.ipynb beim Schritt „Create TciaDataset“ und untersuche TCIA_LABEL_DICT[collection] sowie die LoadImaged-Konfiguration. Reproduziere den Fehler mit der Sammlung „Lung Phantom“ in Google Colab; abgeschlossen ist die Aufgabe, wenn das Notebook Sammlungsnamen mit Leerzeichen akzeptiert, ohne KeyError auszulösen.

Vom Indexierungsmodell aus dem Issue-Text verfasst.

Bewertung

Tech-Stack
jupyter-notebook
Bereich
data
Issue-Typ
Bug
Schwierigkeit
3/5
Geschätzter Aufwand
1-2 Tage
Aktivitätsstatus
Veraltet
Klarheit
Größtenteils klar
Anfängerfreundlichkeit
45/100

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